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Plateforme de données microbiologiques et multi-omiques

La plateforme de données microbiologiques et multi-omiques intégrées sera dédiée à la résistance aux antibiotiques, en tenant compte de l’interopérabilité de ces banques et bases de données, et en développant des outils mathématiques et (bio) informatiques pour modéliser l’évolution et la dissémination de la résistance, ainsi que l’impact des interventions.

Pour permettre la mise en œuvre de cette plateforme multi-omiques, un appel à projets dédié est lancé par l’Inserm le 1 octobre 2020. Cet appel à projet rentre dans le cadre du financement d’outils structurants du Programme prioritaire de recherche (PPR) Antibiorésistance, dispositif de soutien financé du programme d’investissements d’Avenir (PIA3).

La date limite du dépôt des candidatures sur le site EVA de l’Inserm est désormais le 01 février 2021 à 11h.

Une opération structurante et transverse (entre les axes 1, 2 et 3) est de soutenir en priorité le développement d’une plateforme de bases de données microbiologiques multi-omiques intégrées et interopérables ainsi que le développement d’outils numériques. Il existe un besoin urgent de 1) développer et implémenter des bases de données microbiologiques multi-omiques intégrées, spécifiques de la résistance aux antibiotiques pour les trois écosystèmes Homme-Animal-Environnement en s’assurant de l’interopérabilité de ces bases entre elles et avec les bases de données épidémiologiques, et de 2) développer, en parallèle, des outils mathématiques et (bio)informatiques pour modéliser l’évolution de la résistance aux antibiotiques, les phénomènes de transmission et de dissémination des clones et des gènes intra- et inter-sectoriels, ainsi que l’impact d’interventions.

Dans un premier temps, il est nécessaire de :

  1. faire un inventaire de l’existant et en particulier des équipes et de l’expertise, mais aussi des bases de données et outils ;
  2. s’assurer de l’accessibilité des différentes communautés aux bases de données et des outils (par exemple, via un portail unique).