Ces trois projets sont une excellente opportunité pour structurer la recherche sur l’antibiorésistance en métropole et dans les départements et territoires d’outre-mer :
- développement d’un portail commun permettant l’interconnexion et l’interopérabilité des données et des outils d’analyses liées à la résistance antimicrobienne,
- regroupement des compétences professionnelles dans les trois secteurs humain, animal et environnement en facilitant la mutualisation de compétences,
- collaboration entre les différents secteurs de la recherche en SHS et en santé publique.
A terme, ces projets structurants renforceront les interactions des forces françaises mobilisées et reconnues sur la scène internationale de la lutte contre l’antibiorésistance.
ABRomics-PF – une plateforme numérique sur l’antibiorésistance pour stocker, intégrer, analyser et partager des données multi-omiques
Coordinateurs : Claudine MEDIGUE et Philippe GLASER
Établissements porteurs : Institut français de bioinformatique (IFB), Institut Pasteur (IP)
Partenaires : 45 équipes partenaires provenant de 10 institutions/agences principales (Anses, BioPark, CEA, CNR-SpF, CNRS, IFB, Inrae, Inserm, IP, IRD)
Budget : 2 M€
Résumé :
La génomique et les autres approches « omiques » sont essentielles pour la recherche, pour améliorer la surveillance de la résistance aux antibiotiques dans une perspective One Health et pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. L’intégration et l’analyse des données omiques avec les métadonnées associées nécessitent le développement de bases de données accessibles à la communauté, l’utilisation de pipelines standardisés pour l’analyse de ces données, et le développement de nouvelles méthodes bioinformatiques et mathématiques pour répondre aux demandes de tous les acteurs impliqués dans la problématique de l’antibiorésistance, à savoir : laboratoires de microbiologie clinique et vétérinaire, instituts de surveillance et de santé publique, et chercheurs dans les secteurs humain, animal et environnement. Pour répondre à ces objectifs ambitieux, un consortium multidisciplinaire de 43 équipes appartenant aux principaux organismes de recherche français a été mis en place. Ces équipes couvrent la diversité de la recherche sur l’antibiorésistance dans les domaines cliniques et fondamentaux, et réunissent toutes les compétences et expertises nécessaires à la construction de la plateforme ABRomics-PF, en informatique, bioinformatique, base de données, architecture informatique et modélisation mathématique.
Le développement de ABRomics-PF s’articule autour de 3 work packages technologiques (infrastructure IT, bases de données multiomiques intégrées et outils bioinformatiques) qui seront développés dans le contexte de plusieurs cas d’étude spécifiques. ABRomics-PF augmentera l’accessibilité des ressources sur l’antibiorésistance, leur archivage et les possibilités de leur exploitation. Cela permettra à la fois d’améliorer la surveillance en France et de stimuler la recherche dans une approche trans-sectorielle.
PROMISE – réseau communautaire professionnel sur l’antibiorésistance
Coordinateurs : Marie-Cécile PLOY, Bruno FRANÇOIS
Établissements porteurs : Inserm UMR 1092, CHU et CIC1435 de Limoges
Partenaires : 30 réseaux professionnels existants, 42 partenaires académiques et 2 nouveaux réseaux professionnels
Budget : 1,4 M€
Résumé :
Les microbes ne connaissant pas de frontières, la résistance antimicrobienne (RAM) peut se déplacer librement d’un réservoir à l’autre et ne sera jamais contenue dans une région géographique ou un pays. La lutte contre la RAM ne se limite pas à l’utilisation appropriée des antimicrobiens ; elle comprend également des actions visant à réduire l’impact négatif de l’utilisation des antimicrobiens sur l’environnement et la qualité de l’eau. Seule une approche One Health multisectorielle peut espérer limiter efficacement l’émergence des résistances.
En réunissant les principaux acteurs français de la RAM (21 réseaux professionnels existants et 42 unités de recherche universitaire des secteurs animal, humain et environnement, l’objectif du projet PROMISE, est de favoriser les synergies par la création d’une communauté One Health permettant aux réseaux/équipes académiques de partager les meilleures pratiques et leurs expertises, et de coordonner leur action.
L’action de PROMISE repose sur 4 piliers transdisciplinaires et intersectoriels : i) le renforcement des synergies pour améliorer la surveillance One Health de la consommation d’antibiotiques et de la RAM, ii) le partage de données pour améliorer les connaissances des professionnels, iii) l’amélioration de la recherche clinique, iv) le rayonnement du méta-réseau en Europe.
Pour y parvenir, PROMISE ambitionne notamment de créer un entrepôt de données rassemblant des données de surveillance issues des 3 secteurs qui permettra une meilleure compréhension du risque épidémique et de renforcer les connaissances et compétences des professionnels du réseau. PROMISE facilitera la structuration d’un nouveau réseau dédié à l’environnement, qui collaborera avec les réseaux existants. Ces acteurs travaillent déjà sur le risque de dissémination des pathogènes/RAM dans l’environnement, mais sans structuration. PROMISE servira également d’incubateur pour l’émergence de réseaux en permettant, à travers un forum de discussion ouvert, de construire des ponts entre les différentes communautés scientifiques. Enfin, PROMISE participera à des activités de formation et de vulgarisation pour renforcer les pratiques One Health et sensibiliser au problème de l’antibiorésistance.
En résumé, PROMISE propose d’établir une collaboration multisectorielle fructueuse entre des acteurs travaillant en silo en les invitant à partager les meilleures pratiques, les expertises, les méthodologies afin d’accélérer une recherche interdisciplinaire et coordonnée sur la RAM.
DOSA – Observatoire numérique des dimensions sociales de la résistance aux antimicrobiens
Coordinateur : Nicolas FORTANE
Établissement porteur : Inrae CNRS UMR IRISSO, Université Paris-Dauphine
5 équipes partenaires : Sciences Po, Télécom Paris Tech (IDF), Cirad (Montpellier) & Pfizer France
Budget : 600 k€
Résumé :
DOSA, l’observatoire numérique des dimensions sociales de la résistance aux antimicrobiens (RAM), a pour objectif
d’apporter des connaissances sur les pratiques, les discours et les normes liés à la RAM. Il est désormais reconnu que
les sciences humaines et sociales (SHS) autour de la RAM doivent se développer pour mieux identifier et évaluer les
dimensions sociales, économiques et culturelles de l’usage des antibiotiques et ses conséquences sur la santé humaine
et animale et sur l’environnement. DOSA vise à stimuler cette dynamique en analysant des données sociologiques
et numériques qui n’ont jamais été appréhendées auparavant, afin de structurer un réseau d’expertise en SHS qui
pourrait s’engager dans des collaborations interdisciplinaires ou avec des parties prenantes. Tout d’abord, les activités
de veille stratégique et les analyses computationnelles des espaces numériques de la RAM fourniront des ressources
essentielles pour comprendre les aspects socio-culturels du problème ainsi que les controverses techniques et
scientifiques qui le structurent. En explorant les médias, les arènes scientifiques et les réseaux sociaux dans toute leur
variété, DOSA produira des données capables de saisir les différents cadres et expériences de la RAM. Ensuite, les
activités de communication et de diffusion mettront ces connaissances à la disposition des communautés de recherche
disciplinaires et interdisciplinaires (en favorisant les interactions entre les SHS et les sciences biomédicales et
vétérinaires), et encourageront l’utilisation prudente des antibiotiques parmi les diverses communautés (patients,
professionnels de la santé, industries, etc.).