Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell RNA-Seq, niveau 1.
Objectifs
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS).
Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), auxquels nous ajoutons un nouvel atelier, single-cell RNA-Seq, qui abordera les premières étapes de l’analyse. L’école inclura également une introduction aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Attention : le tutorat n’a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Durée
La formation se tiendra du 13 au 18 novembre 2022
Langue
Les cours seront prodigués uniquement en français.
Environnement de travail
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.
Prérequis
Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.
Modalités d’inscription
Date limite de pré-inscription : 31 mai 2022 (sélection des participants : mi-juin 2022). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
Renseignements
Inscription
https://sondages.inrae.fr/index.php/42796?lang=fr
Plaquette
Lien vers la plaquette.
Frais d’inscription
1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus.
Coordination scientifique
Erwan Corre (CNRS), Jacques van Helden (IFB), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur).
Formateurs et tuteurs
Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d’AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).
Plateformes
IFB core (Evry), ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff), IGBMC (CNRS Strasbourg), Migale (INRA Jouy en Josas).
Gestion
Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.
Numéro de déclaration de l’Inserm – organisme de formation : 11754553375
Inscriptions
Du 13-11-2022 au 18-11-2022 à la Station biologique de Roscoff
Date limite d’inscription: 31-05-2022
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