Evènement d’Anton Nekrutenko : « Génomique évolutive et analyse des données microbiennes »
Mardi 17 mai : Mini-symposium sur la génomique évolutive microbienne
En raison de la prolifération des nouvelles technologies de génération de données, la biologie microbienne est devenue une science axée sur les données. Pourtant, la collaboration entre les chercheurs qui étudient les questions biologiques et leurs collègues informaticiens est encore limitée.
L’objectif de ce mini-symposium est de réunir des représentants des deux spécialités et de découvrir les moyens par lesquels ils peuvent être plus conscients des défis et des priorités des uns et des autres. La combinaison unique d’intervenants couvrira les domaines suivants :
- Analyse des communautés microbiennes
- Évolution expérimentale
- Reconstruction phylogénétique
- Analyse de la recombinaison
- Analyse de la sélection
- Logistique des données et automatisation des analyses
Programme et intervenants
09:00 – 09:10 Mot de bienvenue et introduction
09:10 – 09:45 ‘Dynamique et évolution des communautés microbiennes’ – Ellie Harrison, Université de Sheffield, Royaume-Uni
09:45 – 10:05 ‘Analyse des communautés microbiennes’ – Lois Maignien, Université de Bretagne Occidentale, France
10:05 – 11:00 ‘Environnement analytique global’ – Saskia Hiltemann, Erasmus MC, Pays-Bas
10:25 – 10:30 Pause café
11:00- 11:20 ‘Dynamique évolutive de la résistance aux antiobiotiques’ – Stéphanie Bedhomme, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
11:20 – 11:40 ‘Biais de codon et résistance antibiotique’ – Martijn Callens, Université de Gand, Belgique
11:40 – 12:00 ‘Evolution expérimentale’ – Mike Finnegan, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
12:00 – 12:20 ‘Dynamique coévolutionnaire entre les phages et l’immunité CRISPR’ – Sylvain Gandon, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
12:20- 14:00 Pause déjeuner
14:00 – 14:20 ‘Evolution moléculaire et analyse de la sélection’ – Sergei Kosakovsky Pond, Université de Temple, Etats-Unis
14:20 – 14:40 ‘Biologie synthétique’ – Guillaume Cambray, CNRS/Centre de Biologie Structurale (CBS), France
14:40 – 15:00 ‘Analyse à grande échelle des données sur les pandémies’ – Wolfgang Maier, Université de Freiburg, Allemagne
15:00 – 15:20 ‘Analyse et représentation des données’ – Maximilan Haeussler, Université de Californie Santa Cruz, Etats-Unis
15:20 – 15:40 ‘Cadres d’analyse de données pour la génomique microbienne’ – Anton Nekrutenko, Université d’État de Pennsylvanie, États-Unis & Chercheur invité MAK’IT (JRU CEFE)
15:40 – 15:50 Clôture
15:50 – 16:30 Pause café
Mercredi 18 mai : Atelier sur l’analyse des données microbiennes
L’atelier portera sur l’application des données de séquençage (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) à l’analyse des communautés microbiennes, à l’assemblage du génome, à l’analyse de la variation et à l’identification des sites en cours de sélection. Il sera présentée par :
- Saskia Hiltemann – Erasmus MC, Pays-Bas
- Helena Rasche – Erasmus MC & Avans Hogeschool, Pays-Bas
- Anton Nekrutenko – Université d’État de Pennsylvanie, États-Unis & chercheur invité MAK’IT (UMR CEFE)
- Wolfgang Maier – Université de Freiburg, Allemagne
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