{"id":27529,"date":"2023-03-10T15:52:51","date_gmt":"2023-03-10T14:52:51","guid":{"rendered":"https:\/\/ppr-antibioresistance.inserm.fr\/?page_id=27529"},"modified":"2024-11-25T16:49:19","modified_gmt":"2024-11-25T15:49:19","slug":"action-4-resultats-des-appels-a-projets-chaire-junior-et-senior","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/ppr-antibioresistance.inserm.fr\/fr\/projets-actions-soutenus\/action-4-resultats-des-appels-a-projets-chaire-junior-et-senior\/","title":{"rendered":"Action 4 &#8211; R\u00e9sultats des Appels \u00e0 projets Chaire junior et senior"},"content":{"rendered":"\n<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; En r\u00e9ponse \u00e0 cet AAP, 35 candidats ont d\u00e9pos\u00e9 leurs dossiers lors de la premi\u00e8re phase de s\u00e9lection organis\u00e9e par l\u2019Inserm. Parmi eux, 21 candidats ont \u00e9t\u00e9 retenus pour la seconde phase de l\u2019appel \u00e0 projets organis\u00e9e par l\u2019ANR. Le Secr\u00e9tariat G\u00e9n\u00e9ral Pour l&#8217;Investissement (SGPI) a finalement retenu neuf laur\u00e9ats dont les projets couvrent les quatre axes du PPR dans les trois \u00e9cosyst\u00e8mes &#8211; humain, animal, environnement&nbsp;:<\/p>\n\n\n\n<ul>\n<li>\u00c9mergence, transmission et diss\u00e9mination de la r\u00e9sistance<\/li>\n\n\n\n<li>Approches des SHS, \u00e9pid\u00e9miologiques et interventionnelles de l\u2019antibior\u00e9sistance chez l\u2019humain, les animaux et dans l\u2019environnement<\/li>\n\n\n\n<li>Innovations technologiques appliqu\u00e9es \u00e0 l\u2019antibior\u00e9sistance dans les domaines du num\u00e9rique, du diagnostic et de la th\u00e9rapie<\/li>\n\n\n\n<li>Strat\u00e9gies th\u00e9rapeutiques et pr\u00e9ventives innovantes<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity is-style-wide\"\/>\n\n\n\n<div style=\"height:50px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Liste des Laur\u00e9ats<\/h2>\n\n\n\n<p>Laur\u00e9at de l\u2019AAP Chaire senior pour un montant de pr\u00e8s de 1 M\u20ac.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-table is-style-regular border\"><table class=\"has-background\" style=\"background-color:#fff0e6\"><thead><tr><th><strong>Acronyme<\/strong><\/th><th><strong>Nom complet du projet<\/strong><\/th><th><strong>Coordinateur scientifique<\/strong><\/th><th><strong>Pays<\/strong><\/th><th><strong>Organisme porteur du projet<\/strong><\/th><\/tr><\/thead><tbody><tr><td>MEHTA<\/td><td>Managing Environmental Hotspots and Transmission of AMR<\/td><td>Edward TOPP<\/td><td>Canada<\/td><td>INRAE<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n<p>Les 8 laur\u00e9ats de l\u2019AAP Chaire junior financ\u00e9s chacun jusqu\u2019\u00e0 500&nbsp;000 euros pour un montant total de pr\u00e8s de 4 M\u20ac.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-table is-style-regular\"><table class=\"has-background\" style=\"background-color:#fff0e6\"><thead><tr><th><strong>Acronyme<\/strong><\/th><th><strong>Nom complet du projet<\/strong><\/th><th><strong>Coordinateur scientifique<\/strong><\/th><th><strong>Pays<\/strong><\/th><th><strong>Organisme porteur du projet<\/strong><\/th><\/tr><\/thead><tbody><tr><td>AMR-Hub<\/td><td>Determining the hubs of the antimicrobial resistance transmission network across One Health ecosystems<\/td><td>Thibault STALDER<\/td><td>\u00c9tats-Unis<\/td><td>Inserm<\/td><\/tr><tr><td>CARE<\/td><td>Combatting Antibiotic Recalcitrance in ESKAPE pathogens<\/td><td>Charlotte MICHAUX<\/td><td>\u00c9tats-Unis<\/td><td>Universit\u00e9 de Rennes 1<\/td><\/tr><tr><td>COMBINE<\/td><td>Combine modelling of patient pathways and monitoring of sewage to prevent the regional spread of multi-drug resistant <em>Enterobacterales<\/em><\/td><td>Gabriel BIRGAND<\/td><td>France<\/td><td>CHU de Nantes<\/td><\/tr><tr><td>EFAR<\/td><td>Leveraging Ecology to Fight Antibiotic Resistance<\/td><td>Daniel RODRIGUEZ AMOR<\/td><td>Autriche<\/td><td>Inserm<\/td><\/tr><tr><td>IDARS<\/td><td>Donor-recipient bacteria interaction during antibiotic resistance spread<\/td><td>K\u00e9vin MAC\u00c9<\/td><td>Royaume-Uni<\/td><td>Institut de G\u00e9n\u00e9tique &amp; D\u00e9veloppement de Rennes (IGDR)<\/td><\/tr><tr><td>SCANDISC<\/td><td>Scalable antibiotic discovery through synthetic biology<\/td><td>Vincent LIBIS<\/td><td>France<\/td><td>Inserm<\/td><\/tr><tr><td>STATIC<\/td><td>Sustaining the Antibiotic Infrastructure: Tools, Actors, Controversies<\/td><td>Henri BOULLIER<\/td><td>France<\/td><td>Institut de recherche interdisciplinaire en sciences sociales (Irisso)<\/td><\/tr><tr><td>Target2Drug<\/td><td>Data mining and graph theory approaches to fight carbapenem- resistant <em>Acinetobacter baumannii<\/em><\/td><td>Nicolas NALPAS<\/td><td>France<\/td><td>Universit\u00e9 de Rouen Normandie<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity is-style-wide\"\/>\n\n\n\n<div style=\"height:50px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Ci-apr\u00e8s la cartographie des laboratoires des neufs laur\u00e9ats et une pr\u00e9sentation succincte de leurs projets de recherche.<\/h2>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Cartographie des laboratoires d\u2019origine des neufs laur\u00e9ats<\/h3>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/ppr-antibioresistance.inserm.fr\/wp-content\/uploads\/2023\/03\/carte-laureats.png\" alt=\"\"\/><figcaption class=\"wp-element-caption\">Laboratoires des laur\u00e9ats lors de l\u2019AAP Chaire Junior et Senior<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<p>* AUT : Autriche, CAN : Canada, FR : France, GBR : Royaume Uni, DEU : Allemagne, US : \u00c9tats-Unis.<\/p>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity is-style-wide\"\/>\n\n\n\n<div style=\"height:50px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">R\u00e9sum\u00e9s des projets<\/h3>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275298\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: COMBINE &#8211; <\/strong>Combine modelling of patient pathways and monitoring of sewage to prevent the regional spread of multi-drug resistant <em>Enterobacterales<\/em><\/h2><div id=\"ac-275298\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong data-rich-text-format-boundary=\"true\">Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Gabriel Birgand<\/p>\n<p>Les ent\u00e9robact\u00e9ries multi-r\u00e9sistantes (Ent\u00e9robact\u00e9ries-MR) aux antibiotiques port\u00e9es dans le microbiote intestinal ont la capacit\u00e9 de diffuser \u00e0 bas bruit entre \u00e9tablissements de sant\u00e9 par l\u2019interm\u00e9diaire des transferts de patients porteurs. Certains \u00e9tablissements de sant\u00e9 ou m\u00e9dico-sociaux peuvent jouer un r\u00f4le amplificateur des \u00e9pid\u00e9mies \u00e0 l\u2019\u00e9chelon r\u00e9gional impliquant l\u2019ensemble d\u2019un r\u00e9seau de soins. <br \/>Les objectifs g\u00e9n\u00e9raux du projet COMBINE sont :<\/p>\n<ul>\n<li>(i) Identifier les \u00e9tablissements de sant\u00e9 et m\u00e9dico-sociaux influen\u00e7ant la diffusion des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR \u00e0 travers le r\u00e9seau \u00e0 l&#8217;\u00e9chelle r\u00e9gionale ;<\/li>\n<li>(ii) D\u00e9velopper une strat\u00e9gie innovante de surveillance et de pr\u00e9vention des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR bas\u00e9e sur l&#8217;analyse des eaux us\u00e9es dans les \u00e9tablissements agissant comme amplificateur de la diffusion ;<\/li>\n<li>(iii) Mod\u00e9liser l&#8217;impact des strat\u00e9gies coordonn\u00e9es de surveillance des eaux us\u00e9es et de pr\u00e9vention et de contr\u00f4le des infections. Nous prendrons comme mod\u00e8le la r\u00e9gion Pays de la Loire, m\u00ealant zones denses urbaines et rurales, avec une pr\u00e9valence moyenne d&#8217;ent\u00e9robact\u00e9ries productrices de b\u00e9ta-lactamases \u00e0 spectre \u00e9tendu et faible d&#8217;ent\u00e9robact\u00e9ries productrices de carbap\u00e9n\u00e8mase.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Des interventions coordonn\u00e9es impliquant les h\u00f4pitaux, les Soins de Suite et de R\u00e9adaptation (SSR) et les Ehpad semblent \u00eatre essentielles pour r\u00e9duire l&#8217;incidence des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR \u00e0 l\u2019\u00e9chelle d\u2019une r\u00e9gion. Nous faisons l&#8217;hypoth\u00e8se que l&#8217;identification des h\u00f4pitaux, SSR et Ehpad jouant un r\u00f4le amplificateur de la diffusion des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR \u00e0 l&#8217;\u00e9chelle r\u00e9gionale, associ\u00e9e \u00e0 un syst\u00e8me innovant de surveillance bas\u00e9 sur le suivi des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR dans les effluents, peut am\u00e9liorer la coordination des mesures de pr\u00e9vention de la propagation des ent\u00e9robact\u00e9ries-MR \u00e0 l&#8217;\u00e9chelle r\u00e9gionale.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275290\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: STATIC &#8211; <\/strong>Sustaining the Antibiotic Infrastructure: Tools, Actors, Controversies<\/h2><div id=\"ac-275290\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Henri Boullier<\/p>\n<p>Le projet STATIC propose d&#8217;\u00e9tudier les technologies employ\u00e9es pour mesurer et contr\u00f4ler l&#8217;utilisation des antibiotiques, ainsi que leurs effets sur la r\u00e9sistance, dans une perspective de sciences sociales. \u00c0 travers l&#8217;analyse d\u2019une s\u00e9rie d\u2019outils (syst\u00e8mes de traitement des effluents, labels, outils de surveillance), l&#8217;objectif de STATIC est d&#8217;explorer les appuis de l\u2019\u00abinfrastructure antibiotique\u00bb telle qu&#8217;elle existe aujourd&#8217;hui, en \u00e9tudiant ses forces et ses faiblesses, et d&#8217;identifier des moyens innovants pour am\u00e9liorer la gestion de l\u2019AMR et le bon usage des antimicrobiens. Sur le plan empirique, le projet s&#8217;articule autour de trois \u00e9tudes de cas qui analysent la mani\u00e8re dont les technologies de r\u00e9gulation de l&#8217;AMR fixent (ou parviennent \u00e0 d\u00e9passer) les diff\u00e9rentes fronti\u00e8res de la Sant\u00e9 unique globale &#8211; concept \u00ab une seule sant\u00e9 &#8211; et fa\u00e7onnent ainsi notre infrastructure antibiotique : la fronti\u00e8re humain\/environnement, la fronti\u00e8re humain\/animal et la fronti\u00e8re animal\/environnement seront \u00e9tudi\u00e9es dans deux r\u00e9gions du monde chacune (Nord et Sud) par le biais d&#8217;enqu\u00eates dans des h\u00f4pitaux, des \u00e9levages et des environnements en France, aux \u00c9tats-Unis, en Argentine et en Inde. Ce projet constitue une occasion unique de renforcer, en France, la communaut\u00e9 promouvant les sciences sociales de l&#8217;AMR, en s\u2019\u00e9mancipant des approches comportementalistes pour \u00e9tudier comment les usages sont d\u00e9termin\u00e9s par des structures collectives telles que les politiques publiques, les march\u00e9s et les organisations. Bas\u00e9 \u00e0 l\u2019Institut de recherche interdisciplinaire en sciences sociales (Irisso), le projet STATIC r\u00e9unit \u00e9galement des \u00e9quipes de l&#8217;Institut fran\u00e7ais de Pondich\u00e9ry et du Cermes3, o\u00f9 des chercheurs m\u00e8nent depuis longtemps des enqu\u00eates sur la pollution pharmaceutique et les politiques de sant\u00e9 globale.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275297\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: SCANDISC <\/strong>&#8211; Scalable antibiotic discovery through synthetic biology<\/h2><div id=\"ac-275297\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Vincent Libis<\/p>\n<p>La grande majorit\u00e9 des antibiotiques utilis\u00e9s aujourd\u2019hui en clinique sont d\u00e9riv\u00e9s de mol\u00e9cules de d\u00e9fense microbiennes naturelles. La d\u00e9couverte de nouveaux antibiotiques a ralenti durant les 50 derni\u00e8res ann\u00e9es et l\u2019\u00e9mergence de l\u2019antibior\u00e9sistance rend graduellement les mol\u00e9cules actuelles obsol\u00e8tes. Le r\u00e9servoir naturel d\u2019antibiotiques est encore largement sous-explor\u00e9 et de nouvelles approches issues de la g\u00e9nomique permettent aujourd\u2019hui de d\u00e9couvrir des antibiotiques en se focalisant sur les g\u00e8nes microbiens responsables de leur synth\u00e8se. Apr\u00e8s avoir d\u00e9tect\u00e9 de nouveaux g\u00e8nes <em>in silico<\/em>, ces approches visent \u00e0 transf\u00e9rer les g\u00e8nes biosynth\u00e9tiques dans un h\u00f4te mod\u00e8le pour les activer. Ce proc\u00e9d\u00e9 est cependant lent et limite actuellement le rythme des d\u00e9couvertes. Le projet SCANDISC propose de parall\u00e9liser massivement cette \u00e9tape de transfert de g\u00e8nes biosynth\u00e9tiques pour rapidement acc\u00e9der aux nouveaux antibiotiques cod\u00e9s par ces derniers. Des centaines de nouveaux g\u00e8nes biosynth\u00e9tiques identifi\u00e9s dans des bact\u00e9ries du sol fran\u00e7ais seront syst\u00e9matiquement test\u00e9s dans un h\u00f4te mod\u00e8le pour d\u00e9tecter leurs activit\u00e9s antibiotiques. En parall\u00e8le, le transfert de ces g\u00e8nes permettra d\u2019\u00e9tudier la logique g\u00e9n\u00e9rale de l\u2019activation des g\u00e8nes biosynth\u00e9tiques par les microorganismes ce qui pourrait d\u00e9verrouiller l\u2019acc\u00e8s \u00e0 une large fraction de mol\u00e9cules cod\u00e9es par des g\u00e8nes actuellement silencieux. Un dernier axe du projet consistera \u00e0 \u00e9tendre cette strat\u00e9gie d\u2019exploration des g\u00e9nomes bact\u00e9riens \u00e0 l\u2019exploration de g\u00e9nomes fongiques qui abritent une immense diversit\u00e9 de g\u00e8nes codant des antibiotiques qui restent encore \u00e0 d\u00e9couvrir.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275296\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: IDARS &#8211; <\/strong>Donor-recipient bacteria interaction during antibiotic resistance spread<\/h2><div id=\"ac-275296\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 K\u00e9vin Mac\u00e9<\/p>\n<p>Le projet IDARS vise \u00e0 \u00e9tudier le m\u00e9canisme mol\u00e9culaire de la conjugaison bact\u00e9rienne, principal processus par lequel les g\u00e8nes de r\u00e9sistance aux antibiotiques se propagent entre bact\u00e9ries. La conjugaison est un ph\u00e9nom\u00e8ne biologique par lequel une cellule bact\u00e9rienne donneuse transf\u00e8re de l\u2019ADN vers une cellule bact\u00e9rienne r\u00e9ceptrice. Ce transfert d&#8217;ADN est r\u00e9alis\u00e9 par une grande machinerie mol\u00e9culaire appel\u00e9e \u00ab Syst\u00e8me de s\u00e9cr\u00e9tion de type 4 \u00bb ou T4SS. Pour que le transfert d&#8217;ADN se produise, le T4SS doit d&#8217;abord produire un pilus, c\u2019est-\u00e0-dire un long tube qui fait office d&#8217;appendice extracellulaire. Sa fonction est de reconnaitre et de se fixer \u00e0 la cellule receveuse afin que l&#8217;ADN transite du donneur vers le receveur. La d\u00e9tection de la cellule receveuse provoque un signal qui induit une modification de la machinerie T4SS, passant en mode \u00ab transfert d&#8217;ADN \u00bb. Ce projet est centr\u00e9 sur l\u2019\u00e9tape cl\u00e9 de la reconnaissance de la cellule receveuse par l\u2019extr\u00e9mit\u00e9 du pilus. \u00c0 cette fin, l\u2019extr\u00e9mit\u00e9 du pilus sera purifi\u00e9e biochimiquement et ensuite utilis\u00e9e pour cribler<em> in vivo <\/em>le r\u00e9cepteur de la cellule r\u00e9ceptrice. La structure mol\u00e9culaire du complexe pilus\/r\u00e9cepteur sera r\u00e9solue \u00e0 haute r\u00e9solution \u00e0 l\u2019aide d\u2019une m\u00e9thode de pointe, la cryo-microscopie \u00e9lectronique (Cryo-EM). En compl\u00e9ment, un processus bact\u00e9rien naturel bloquant la conjugaison, appel\u00e9 m\u00e9canisme d&#8217;exclusion d&#8217;entr\u00e9e (Eex), sera \u00e9galement caract\u00e9ris\u00e9 biochimiquement et structurellement. L\u2019ensemble de ces r\u00e9sultats fournira des donn\u00e9es structurales permettant la compr\u00e9hension fondamentale du m\u00e9canisme mol\u00e9culaire de la conjugaison, mais \u00e9galement la possibilit\u00e9 de concevoir des compos\u00e9s bloquant le principal m\u00e9canisme de propagation des g\u00e8nes de r\u00e9sistance aux antibiotiques.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275295\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: CARE &#8211; <\/strong>Combatting Antibiotic Recalcitrance in ESKAPE pathogens<\/h2><div id=\"ac-275295\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Charlotte Michaux<\/p>\n<p>Un des d\u00e9fis actuels majeurs dans le traitement des infections bact\u00e9riennes est de concevoir des strat\u00e9gies pour \u00e9radiquer la r\u00e9calcitrance aux antibiotiques, ph\u00e9nom\u00e8ne au cours duquel des bact\u00e9ries g\u00e9n\u00e9tiquement sensibles r\u00e9ussissent \u00e0 \u00e9chapper \u00e0 l\u2019action bact\u00e9ricide des antibiotiques, entrent en dormance et survivent aux traitements. D\u00e9crites comme pouvant constituer un vivier propice \u00e0 l\u2019apparition de r\u00e9sistances aux antimicrobiens, les bact\u00e9ries r\u00e9calcitrantes sont surtout suspect\u00e9es d\u2019\u00eatre \u00e0 l\u2019origine d\u2019\u00e9pisodes de rechute d\u2019une infection pouvant intervenir apr\u00e8s arr\u00eat des traitements. Si une prise de conscience de l\u2019importance clinique de la r\u00e9calcitrance aux antibiotiques chez divers agents pathog\u00e8nes s\u2019est op\u00e9r\u00e9e ces dix derni\u00e8res ann\u00e9es, on sait toujours tr\u00e8s peu de choses sur ce ph\u00e9nom\u00e8ne chez les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes du groupe ESKAPE, tristement c\u00e9l\u00e8bre pour r\u00e9unir en son sein des agents infectieux multi-r\u00e9sistants impliqu\u00e9s dans les maladies nosocomiales. Avec CARE (Combattre la r\u00e9calcitrance aux antibiotiques chez les pathog\u00e8nes ESKAPE), et un focus sur <em>Enterococcus faecium<\/em> et <em>Enterobacter cloacae<\/em> <em>complex<\/em>, nous allons axer nos efforts sur l\u2019identification (i) des m\u00e9canismes de la r\u00e9calcitrance en mettant en \u00e9vidence les d\u00e9terminants g\u00e9n\u00e9tiques impliqu\u00e9s, (ii) des niches de la r\u00e9calcitrance pendant l\u2019infection, permettant aux bact\u00e9ries de survivre au traitement et de recoloniser l\u2019h\u00f4te apr\u00e8s son arr\u00eat (iii) du r\u00f4le actif que joue la r\u00e9calcitrance dans la promotion de la r\u00e9sistance aux antibiotiques. En comprenant mieux les m\u00e9canismes d\u2019action de la r\u00e9calcitrance afin d\u2019\u00e9radiquer ce ph\u00e9nom\u00e8ne, ce projet a pour but de proposer des strat\u00e9gies pour lutter activement contre la survie et la r\u00e9sistance aux antibiotiques.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275294\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: Target2Drug<\/strong> &#8211; Data mining and graph theory approaches to fight carbapenem- resistant <em>Acinetobacter baumannii<\/em><\/h2><div id=\"ac-275294\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Nicolas Nalpas<\/p>\n<p><em>Acinetobacter baumannii<\/em> est une bact\u00e9rie pathog\u00e8ne opportuniste qui cause de nombreux d\u00e9c\u00e8s chaque ann\u00e9e en raison de sa capacit\u00e9 \u00e0 d\u00e9velopper une r\u00e9sistance aux antibiotiques, notamment aux carbap\u00e9n\u00e8mes. Cette r\u00e9sistance est d\u2019autant plus mena\u00e7ante que le d\u00e9veloppement de nouveaux antibiotiques reste limit\u00e9. En 2020, 43 antibiotiques \u00e9taient en cours de d\u00e9veloppement, la grande majorit\u00e9 ciblant des m\u00e9canismes connus. Il est donc urgent aujourd&#8217;hui de trouver de nouvelles strat\u00e9gies pour lutter contre cette esp\u00e8ce bact\u00e9rienne class\u00e9e Priorit\u00e9 1 par l&#8217;OMS.<\/p>\n<p>Dans ce contexte, le d\u00e9veloppement r\u00e9cent des technologies de spectrom\u00e9trie de masse et des m\u00e9thodes bioinformatiques a augment\u00e9 notre capacit\u00e9 \u00e0 analyser et interpr\u00e9ter des donn\u00e9es de biologie syst\u00e9mique de plus en plus importantes. Notamment, l&#8217;int\u00e9gration de donn\u00e9es multi-omiques (transcriptome, prot\u00e9ome ou PTM) a permis de r\u00e9v\u00e9ler les interrelations entre les mol\u00e9cules et de tirer des connaissances cliniques de ces informations. Par exemple, la reconstruction de r\u00e9seaux mol\u00e9culaires et leur analyse (via la th\u00e9orie des graphes) a conduit \u00e0 la d\u00e9couverte de nouvelles cibles th\u00e9rapeutiques dans la recherche sur le cancer. Cependant, une telle approche n&#8217;a pas encore \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e pour cibler les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes.<\/p>\n<p>Ce projet proposera de nouvelles strat\u00e9gies th\u00e9rapeutiques pour lutter contre <em>A. baumannii <\/em>en utilisant ces approches bioinformatiques innovantes. Nos objectifs sont donc (1) d&#8217;int\u00e9grer des ensembles de donn\u00e9es multi-omiques provenant d&#8217;isolats cliniques de <em>A. baumannii<\/em>, y compris des souches r\u00e9sistantes aux carbap\u00e9n\u00e8mes ; (2) de reconstruire des r\u00e9seaux mol\u00e9culaires sp\u00e9cifiques de diff\u00e9rents m\u00e9canismes bact\u00e9riens afin de hi\u00e9rarchiser de nouvelles cibles via la th\u00e9orie des graphes ; et (3) de r\u00e9aliser un criblage de mol\u00e9cules bioactives contre de nouvelles cibles et de confirmer leur effet n\u00e9faste sur <em>A. baumannii.<\/em><\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275293\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: EFAR &#8211; <\/strong>Leveraging Ecology to Fight Antibiotic Resistance<\/h2><div id=\"ac-275293\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong>\u00a0 Daniel Rodriguez Amor<\/p>\n<p>L&#8217;\u00e9mergence et la persistance de la r\u00e9sistance aux antibiotiques dans les microbiotes constituent un d\u00e9fi majeur pour l&#8217;efficacit\u00e9 des antibiotiques. Alors que les m\u00e9canismes sous-jacents \u00e0 l\u2019antibior\u00e9sistance ont g\u00e9n\u00e9ralement \u00e9t\u00e9 \u00e9tudi\u00e9s dans des monocultures, la compr\u00e9hension du r\u00f4le des facteurs \u00e9cologiques (tels que la croissance microbienne et les interactions inter-esp\u00e8ces) dans la propagation de l\u2019antibior\u00e9sistance dans les microbiotes reste un d\u00e9fi. Ce projet combinera la th\u00e9orie, les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes <em>in vitro<\/em> et l&#8217;analyse d&#8217;ensembles de donn\u00e9es sur le microbiote intestinal humain afin de d\u00e9terminer comment diff\u00e9rents facteurs \u00e9cologiques influent sur la propagation et la persistance de la r\u00e9sistance aux antibiotiques dans un contexte de communaut\u00e9. La strat\u00e9gie de recherche comporte trois axes principaux. Le premier axe consiste \u00e0 explorer le r\u00f4le des taux de croissance microbienne dans la d\u00e9termination de la r\u00e9silience des clades communautaires, ou des \u00e9tats stables alternatifs, \u00e0 l&#8217;exposition aux antibiotiques. Le second servira \u00e0 quantifier comment la force des interactions microbiennes peut d\u00e9terminer le temps de persistance des souches r\u00e9sistantes aux antibiotiques dans les communaut\u00e9s. Le troisi\u00e8me axe traitera de la mani\u00e8re dont la pr\u00e9sence de membres de la communaut\u00e9 interf\u00e8re avec les taux de transferts horizontaux des g\u00e8nes de r\u00e9sistance aux antibiotiques entre une paire d&#8217;esp\u00e8ces donn\u00e9e. Les r\u00e9sultats attendus pourraient inspirer de nouvelles fa\u00e7ons de contr\u00f4ler la propagation de la r\u00e9sistance aux antibiotiques, par exemple en utilisant de nouveaux biomarqueurs du microbiote du patient et en manipulant les interactions microbiennes.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275292\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: AMR \u2013 Hub &#8211; <\/strong>Determining the hubs of the antimicrobial resistance transmission network across One Health ecosystems<\/h2><div id=\"ac-275292\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong> Thibault Stalder<\/p>\n<p>Les bact\u00e9ries r\u00e9sistantes aux antibiotiques sont une menace pour la sant\u00e9 humaine. L\u2019\u00e9mergence de bact\u00e9ries r\u00e9sistantes est le r\u00e9sultat du partage de g\u00e8nes entre les bact\u00e9ries commensales des animaux, des humains et de l&#8217;environnement. Par cons\u00e9quent, pour r\u00e9duire l&#8217;apparition et la transmission de ces bact\u00e9ries, les strat\u00e9gies de recherche, de surveillance et d&#8217;intervention doivent int\u00e9grer une approche globale appel\u00e9e <em>One Health<\/em>, une seule sant\u00e9. Dans ce contexte, AMR-Hub vise \u00e0 utiliser le cadre de One Heath pour explorer les trajectoires \u00e9co-\u00e9volutives de la propagation de la r\u00e9sistance aux antibiotiques et am\u00e9liorer les syst\u00e8mes de surveillance actuels. L&#8217;acquisition de la r\u00e9sistance aux antibiotiques par des pathog\u00e8nes est principalement due au partage de plasmides, \u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9tiques mobiles pouvant conf\u00e9rer une ou plusieurs r\u00e9sistances. Comme plusieurs rapports l\u2019ont soulign\u00e9, les plasmides de r\u00e9sistance passent au travers des fronti\u00e8res \u00e9cologiques tout en se propageant rapidement dans le monde entier. Cependant, les trajectoires qui am\u00e8nent ces plasmides \u00e0 sauter entre les microbiomes environnementaux, animaux ou humains pour finir dans des bact\u00e9ries pathog\u00e8nes reste inconnues.<\/p>\n<p>Dans AMR-Hub, nous proposons de d\u00e9m\u00ealer les m\u00e9canismes responsables du transfert des plasmides de r\u00e9sistance entre les \u00e9cosyst\u00e8mes humains, animaux et environnementaux. Le projet AMR-Hub aborde ces objectifs en utilisant une approche multidisciplinaire dans le cadre d&#8217;une vaste \u00e9tude sur le terrain comprenant des \u00e9chantillons humains, animaux et environnementaux, int\u00e9gr\u00e9e au sein d\u2019une structure collaborative entre la microbiologie humaine, animale et environnementale. In fine, AMR-Hub conduira au d\u00e9veloppement d&#8217;outils pour renforcer les syst\u00e8mes de surveillance actuels mais \u00e9galement de futures strat\u00e9gies afin de ralentir la propagation de la r\u00e9sistance aux antibiotiques.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-pb-accordion-item c-accordion__item js-accordion-item no-js\" data-initially-open=\"false\" data-click-to-close=\"true\" data-auto-close=\"true\" data-scroll=\"false\" data-scroll-offset=\"0\"><h2 id=\"at-275291\" class=\"c-accordion__title js-accordion-controller\" role=\"button\"><strong>Projet&nbsp;: MEHTA &#8211; <\/strong>Managing Environmental Hotspots and Transmission of Antimicrobial resistance (AMR)<\/h2><div id=\"ac-275291\" class=\"c-accordion__content\">\n<p><strong>Coordinateur scientifique :<\/strong> Edward Topp<\/p>\n<p>Le projet MEHTA : Gestion des points chauds environnementaux et transmission de la r\u00e9sistance aux antimicrobiens<\/p>\n<p>\u00c0 l&#8217;\u00e8re du changement climatique, l&#8217;irrigation avec des eaux us\u00e9es municipales r\u00e9cup\u00e9r\u00e9es et l&#8217;augmentation de la mati\u00e8re organique du sol sont d&#8217;une importance cruciale pour la productivit\u00e9 agricole. Il est donc important d&#8217;amender les sols avec de la mati\u00e8re organique d&#8217;origine humaine (biosolides) ou animale (fumiers).<\/p>\n<p>Les principaux r\u00e9sultats de la recherche comprendront ce qui suit\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>Analyse chimique des antibiotiques et analyse mol\u00e9culaire des g\u00e8nes de r\u00e9sistance aux antibiotiques sur les cultures irrigu\u00e9es avec des eaux us\u00e9es r\u00e9cup\u00e9r\u00e9es, et \u00e9valuation des technologies de traitement des eaux us\u00e9es qui am\u00e9liorent la composition chimique et microbienne des effluents.<\/li>\n<li>L&#8217;\u00e9volution du r\u00e9sistome de l&#8217;intestin humain suite \u00e0 une exposition \u00e0 des aliments irrigu\u00e9s avec des eaux us\u00e9es r\u00e9utilis\u00e9es ou de l&#8217;eau propre sera \u00e9valu\u00e9e \u00e0 l&#8217;aide d&#8217;un mod\u00e8le d&#8217;intestin artificiel.<\/li>\n<li>Les \u00ab concentrations mesur\u00e9es sans effet \u00bb d&#8217;antibiotiques transport\u00e9s dans le sol avec des biosolides ou des fumiers sur le r\u00e9servoir environnemental de bact\u00e9ries r\u00e9sistantes aux antibiotiques seront d\u00e9termin\u00e9es.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Afin d\u2019adopter une approche \u00ab One Health \u00bb du fardeau de l\u2019AMR, le consortium du projet est compos\u00e9 de scientifiques de diff\u00e9rentes disciplines (agronomie, \u00e9cologie microbienne des sols, microbiologie m\u00e9dicale\u2026) bas\u00e9s \u00e0 l\u2019INRAE, l\u2019Agro\u00e9cologie, Institut Agro, l\u2019Universit\u00e9 de Bourgogne et l\u2019Universit\u00e9 de Bourgogne Franche-Comt\u00e9 \u00e0 Dijon, l\u2019Ecosys INRAE \u00e0 Paris Saclay, le CNRS UMR Chronoenvironnement, l\u2019Universit\u00e9 de Franche-Comt\u00e9, et le Centre Hospitalier Universitaire de Besan\u00e7on.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity is-style-wide\"\/>\n\n\n\n<p><strong>Coordination :<\/strong><br>\u00c9velyne &nbsp;JOUVIN-MARCHE,<br>Coordinatrice scientifique du PPR Antibior\u00e9sistance, Inserm<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p><strong>Comit\u00e9 de r\u00e9daction :<\/strong><br>Anne-Claire LANGLOIS &nbsp;<br>Charg\u00e9e de projets, Inserm<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p><strong>Responsable communication<br>des projets sp\u00e9ciaux:<br><\/strong>Myriem BELKACEM,<br>D\u00e9partement de l&#8217;information scientifique<br>et de la communication (Disc), &nbsp;Inserm<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; En r\u00e9ponse \u00e0 cet AAP, 35 candidats ont d\u00e9pos\u00e9 leurs dossiers lors de la premi\u00e8re phase de s\u00e9lection organis\u00e9e par l\u2019Inserm. 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