AccueilEmplois & formationsSujet de thèse : Étude des interactions entre les bactériophages et la bactérie pathogène Clostridioides difficile, CNRS, I2BC, Saclay (91) et Sherbrooke,Québec

Sujet de thèse : Étude des interactions entre les bactériophages et la bactérie pathogène Clostridioides difficile, CNRS, I2BC, Saclay (91) et Sherbrooke,Québec

Détails de l'offre

  • Type de poste: PhD/Doctorat
  • Secteur : Public
  • Localité : International 
  • Limite de candidature : 15/05/2021
  • Profil de poste:
    Recherche et innovation
  • Domaine(s) :
    Microbiologie et Immunologie

Description

Réf ABG-96812

Sujet de Thèse
19/03/2021
CNRS, I2BC

Lieu de travail : Saclay – Ile-de-France, et Sherbrooke, Québec

Intitulé du sujet : Étude des interactions entre les bactériophages et la bactérie pathogène Clostridioides difficile

Description du sujet

Nous sommes à la recherche de deux candidat(e)s pour entamer deux projets de recherche en cotutelle entre l’Université de Sherbrooke et l’Université Paris-Saclay. Ces deux projets visent à étudier les interactions entre les bactériophages (i.e. des virus ou phages) et la bactérie pathogène Clostridioides difficile, qui est la principale cause de diarrhée post-antibiotique et est l’une des bactéries les plus problématiques en milieu hospitalier.

Le premier projet portera sur l’étude d’un système antiphage de type « avortement de l’infection » (Abi) contrôlé par un riborégulateur et qui a été identifié dans le génome d’un prophage. Ce projet sera réalisé principalement à l’Université Paris-Saclay sous la direction de la Pr Soutourina, mais comportera une portion significative (au moins 1 année) de travail à l’Université de Sherbrooke dans le laboratoire du Pr Fortier.

Le deuxième projet portera sur l’étude de la spécificité de liaison entre les phages et leur récepteur bactérien, en l’occurrence la protéine de surface SlpA (Surface-layer protein A). Ce projet se déroulera principalement à l’Université de Sherbrooke au Québec sous la direction du Pr Fortier, mais comportera une portion significative (au moins 1 année) de travail à l’Université Paris-Saclay dans le laboratoire de la Pr Soutourina.

Pour les deux projets, les activités de recherche comprendront :

  • Culture anaérobique de C. difficile et infections avec des bactériophages dans un environnement de travail de niveau de confinement biologique 2
  • Clonage moléculaire (construction de plasmides et de mutants de C. difficile en utilisant différents outils génétiques et moléculaires)
  • Expression de protéines chez C. difficile
  • Caractérisation phénotypique de C. difficile (croissance, production de toxines, sporulation)
  • Analyse de l’expression des gènes et des protéines (Northern blot, RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, fusion des gènes rapporteurs)

Prise de fonction :

01/10/2021

Nature du financement

Autre financement public

Précisions sur le financement

Bourses de cotutelle entre le Québec et la France

Présentation établissement et labo d’accueil

CNRS, I2BC

Ces projets seront réalisés en cotutelle au sein de l’équipe « ARNs régulateurs chez les Clostridies » dirigé par le Pr Olga Soutourina et récemment implantée au sein du département de Microbiologie de l’Institut de Biologie Intégrative de la cellule (I2BC) et au sein du laboratoire du Pr Louis-Charles Fortier implanté à la Faculté de Médecine et des Sciences de la Santé de l’Université de Sherbrooke.

Les équipes d’accueil disposent d’une chambre anaérobie, indispensable à la culture et à la manipulation du pathogène anaérobie strict C. difficile, installée dans une pièce dédiée de niveau L2. Tout l’équipement nécessaire à la réalisation de ce projet est disponible au sein des laboratoires.

Profil du candidat

Les candidat(e)s doivent détenir un diplôme de Master 2, de maîtrise (MSc) ou un équivalent. Les candidat(e)s doivent idéalement avoir une expérience pertinente en microbiologie et/ou biologie moléculaire, avoir de bonnes aptitudes en communications, et être prêt(e)s à étudier à l’étranger pendant plusieurs mois. Nous nous engageons à respecter les règles de diversité, d’équité et d’inclusion en matière de recrutement. Toutes les candidatures seront évaluées et considérées de façon équitable.

Durée prévue des études : 3 ans, avec possibilité de prolongation (à discuter).

Date de début : septembre-octobre 2021.

Les candidat(e)s ayant un dossier compétitif seront éligibles à des bourses salariales au Québec ou en France.

Date limite de candidature: 15/05/2021.

Pour postuler : candidater sur le site de l’Association Bernard Grégory.