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Emplois & formations

Sujet de thèse : Etude de l’impact des effluents hospitaliers sur la dissémination de résistance aux antibiotiques dans les eaux usées, Ecole nationale vétérinaire de Toulouse

Détails de l'offre

  • Type de poste: PhD/Doctorat
  • Secteur : Public
  • Localité : France 
  • Limite de candidature : 01/06/2022
  • Profil de poste:
    Recherche et innovation
  • Domaine(s) :
    Vétérinaire et milieu animal

Description

Toulouse – Occitanie – France
Etude de l’impact des effluents hospitaliers sur la dissémination de résistance aux antibiotiques dans les eaux usées
Biologie
eaux usées, antibiorésistance, microbiote, résistome, mobilome

Description du sujet

L’antibiorésistance constitue une menace pour la santé humaine. La sphère environnementale joue un rôle prépondérant dans la dissémination de résidus d’antibiotiques, mais également de bactéries résistantes aux antibiotiques et des gènes de résistance aux antibiotiques.

Les stations de traitement des eaux usées sont notamment considérées comme des « hot spots » pour l’émergence de résistance. Le déversement d’effluents hospitaliers dans les eaux usées pourrait notamment conduire à une pression de sélection à l’origine d’une dissémination de la résistance dans ce milieu.

L’objectif de ce projet doctoral est de documenter l’impact d’effluents hospitaliers sur la dissémination de l’antibiorésistance dans les eaux usées. Pour ce faire, nous utiliserons une approche in situ qui consistera à caractériser un effluent hospitalier ainsi qu’à le comparer aux eaux usées en amont et en aval de celui-ci, notamment en ce qui concerne l’enrichissement du résistome (ensemble des gènes capables de conférer une résistance à des antibiotiques).

Puis, une approche expérimentale nous permettra de préciser la contribution du cocktail d’agents chimiques d’une part, et du microbiote de l’effluent hospitalier d’autre part, à l’enrichissement du résistome des eaux usées. Nous étudierons enfin l’impact de l’exposome de l’effluent hospitalier sur le mobilome (ensemble des éléments génétiques mobiles par transfert horizontal de gènes) des eaux usées domestiques, afin d’identifier si cet effluent peut être à l’origine d’une augmentation du transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques.
(i) L’approche in situ consistera à caractériser un effluent hospitalier ainsi qu’à le comparer aux eaux usées en amont et en aval de celui-ci par la quantification des antibiotiques, le pourcentage de bactéries résistantes aux antibiotiques, la quantification du résistome et l’identification de la composition du microbiote. Des prélèvements seront réalisés tous les deux mois au cours d’une année.
(ii) L’approche expérimentale nous permettra de préciser l’impact de l’exposome des effluents hospitaliers sur l’enrichissement en bactéries résistantes et gènes de résistance aux antibiotiques des eaux usées domestiques.
Nous préciserons cet impact sur les eaux usées domestiques suite à l’exposition au cocktail des agents chimiques (dont les antibiotiques) présents dans les effluents hospitaliers d’une part ; et suite à l’exposition au microbiote de ces mêmes effluents d’autre part. Cette étude sera réalisée dans des microcosmes et nous utiliserons les mêmes indicateurs de résistance que dans l’étude in situ.
           (iii) Enfin, la dernière étude sera dédiée à l’étude du mobilome des eaux usées domestiques soumises ou non à l’exposome d’effluents hospitaliers dans des microcosmes. Elle nous permettra d’identifier les éléments génétiques impliqués dans les échanges génétiques ainsi que le matériel génétique qu’ils transportent, et en particulier les gènes de résistance aux antibiotiques.
Nous utiliserons une approche innovante basée sur l’utilisation d’une souche d’Escherichia coli réceptrice possédant une plateforme d’acquisition, basée sur le système CRISPR-Cas9, capable d’incorporer l’ADN exogène et ainsi d’enregistrer les événements de transferts horizontaux de gènes subis par celle-ci. Après séquençage des séquences «enregistrées», ce système permettra d’apprécier la mobilité génétique, en particulier celle des gènes de résistance, dans les eaux usées domestiques exposées ou non à l’effluent hospitalier.
Plus de précisions sur le sujet  et  sur le concours.
Prise de fonction : 01/09/2022

Nature du financement : contrat doctoral

Précisions sur le financement : financement sous condition de réussite à un concours d’attribution de contrats doctoraux

Présentation établissement et labo d’accueil

L’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche sous tutelle du Ministère de l’Agriculture, et de l’Alimentation. En matière de recherche, l’Etablissement accueille plusieurs équipes de scientifiques (la plupart sont des UMR avec une cotutelle INRA, INSERM, UT3, …) en lien avec la santé animale, l’hygiène des aliments ou la génétique.

Le laboratoire d’accueil, situé sur le site de l’ENVT, est l’UMR1436 INRAE/ENVT, INTHERES (Innovations thérapeutiques et résistances). Cette unité multidisciplinaire est constituée d’une trentaine de personnes : microbiologistes, parasitologues, chimistes, mathématiciens, vétérinaires et pharmaciens.

Elle dispose d’un plateau analytique. Trois axes de recherche y sont développés : (i) résistance aux antihelminthiques et insecticides, (ii) antibiotiques : pathogènes, microbiote et environnement, et (iii) thérapeutiques individualisées.

Profil du candidat

Etudiant avec un très bon niveau M2 intéressé par la microbiologie et la pharmacologie.

Des connaissances en techniques de microbiologie et biologie moléculaires seront appréciées.

Recherche bibliographique, rédaction de protocoles, mise en place d’expérimentations in vitro, analyses de résultats, écriture d’articles.

01/06/2022