Sujet de thèse : Clostridioides difficile (Clostridium difficile) chez les Equidés : rôle des biofilms dans la colonisation, le portage, la virulence et la persistance des infections, IDF

Clostridioides difficile est un entéro-pathogène anaérobie strict et sporulant de l’homme et des animaux. Il émerge après un traitement antibiotique et provoque des diarrhées et colites via ses toxines. Sa capacité à coloniser et à persister, qui pourrait impliquer des biofilms, peut favoriser les rechutes, la dissémination et la transmission. Dans un projet en cours avec l’Anses, des souches sont isolées des contenus intestinaux d’équidés autopsiés. Sur la base de la recherche des gènes de toxines et d’un diagnostic d’infection (virulence in vivo), elles sont classées en ‘non toxinogènes’, ‘toxinogènes et portées’ et ‘toxinogènes et causes d’infection’.

La thèse débutera par le séquençage de leurs génomes, la recherche de leurs gènes potentiels de formation de biofilm et de résistance aux antibiotiques, et l’évaluation de leur potentiel de transmission zoonotique par comparaison aux génomes de souches humaines. Les souches équines seront de plus étudiées pour i) leur formation de biofilms in vitro et ii) leur colonisation in vivo observée in situ, sur des coupes intestinales de souris mono-associées (modèle animal), dans le cas de trois souches représentatives (une par classe), mais aussi iii) sur des coupes intestinales d’équidés (hôte naturel). L’analyse croisée de tous les résultats et des données animales permettra d’évaluer le rôle des biofilms de C. difficile dans la colonisation, le portage, la virulenceet la persistance des infections.

L’étudiant.e travaillera dans un laboratoire spécialiste des biofilms de C. difficile. Il.elle bénificiera du soutien technique d’un tech,icien de recherche (TR INRAe-Micalis-GME), spécialiste du phénotypage des souches et de l’analyse des biofilms in vitro. Il.elle sera encadré.e par I. Poquet (INRAe-Micalis-GME, HDR)

L’étudiant.e aura accès à divers équipements : i) chambre de Freter en laboratoire de confinement II pour l’étude de C. difficile à GME (Micalis, INRAe, Jouy-en-Josas), ii) séquenceur (chez un collaborateur), iii) animalerie à BaPs (chez un collaborateur) et iv) Plateformes d’histologie (BRIDGE) et de microscopie (MIMA2) à l’INRAe de Jouy-en-Josas.

Etudiant.e en master 2, titulaire de son diplôme au moment du démarrage de la thèse, motivé.e, curieu.x.se, sérieu.x.se

Des compétences en microbiologie et biologie moléculaire soont requises. Des compétences en Microbiologie anaérobie, microscopy, génomique et histologie sont un plus.