Détails de l'offre
- Type de poste: PhD/Doctorat
- Secteur : Public
- Localité : France
- Limite de candidature : 14/05/2021
- Profil de poste:
Recherche et innovation - Domaine(s) :
Microbiologie et Immunologie
Description
Offre publiée le 29/03/2021 sur Indeed.com.
Contrat doctoral
Lieu de travail : INSERM UMR1073-Université de Rouen – Normandie
Intitulé du sujet : Caractérisation d’une nouvelle famille de bactériocines produites par le microbiote intestinal
Champs scientifiques : santé, médecine humaine, vétérinaire
Mots clés
Bactériocines, microbiote intestinal, dysbiose, bactéries pathogènes, résistance aux antibiotiques
Description du sujet
Le microbiote intestinal est un écosystème complexe, comprenant des centaines d’espèces bactériennes différentes qui sont en compétition les unes avec les autres. Certaines bactéries sécrètent notamment des bactériocines qui vont tuer ou inhiber la prolifération d’autres espèces bactériennes. Ces toxines ont suscité beaucoup d’intérêt ces dernières années. En effet, certaines bactériocines pourraient constituer une alternative aux antibiotiques, et ainsi participer à la lutte contre les infections dues aux bactéries antibio-résistantes. La lutte contre ces bactéries représente un défi majeur en termes de santé publique pour les années à venir.
Les progrès récents dans le domaine de la métagénomique ont permis d’établir un catalogue des protéines potentiellement produites par les micro-organismes du microbiote intestinal (incluant plus de 10 millions de protéines différentes). L’analyse bioinformatique de ces bases de données nous a permis d’identifier une nouvelle famille de protéines possédant potentiellement une activité de type bactériocine.
Le projet de doctorat proposé ici consistera à :
- (1) caractériser les mécanismes de sécrétion et de toxicité de ces bactériocines.
- (2) évaluer la toxicité de ces bactériocines sur différentes bactéries pathogènes antibio-résistantes pour l’homme.
Les perspectives de ce projet de recherche sont d’identifier de nouvelles molécules antibactériennes, pouvant être utilisées pour manipuler la composition du microbiote intestinal ou pour lutter contre des infections sévères dues à des bactéries résistantes aux antibiotiques.
Approches expérimentales : microbiologie, biologie moléculaire (clonage, expression de protéines recombinantes), bioinformatique
Prise de fonction : 01/10/2021.
Présentation établissement et labo d’accueil
INSERM UMR1073-Université de Rouen
L’UMR 1073 INSERM est une unité mono-équipe de l’Université de Rouen composée de 15 enseignants-chercheurs, 12 personnels ITA-BIATSS, 8 praticiens hospitaliers et 12 doctorants. Les travaux de l’UMR1073 sont focalisés sur les troubles du comportement alimentaire et l’obésité, le syndrome de l’intestin irritable et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, pathologies qui ont en commun le dysfonctionnement de l’axe microbiote-intestin-cerveau et qui offrent des opportunités de thérapies innovantes.
La caractérisation de bactériocines produites par le microbiote intestinal constitue une nouvelle thématique de recherche de l’Unité U1073. Cette thématique, dirigée par le Dr. David Ribet, est rattachée à un des axes de recherche principaux de l’Unité à savoir le rôle du microbiote intestinal dans la physiologie humaine et plus particulièrement le développement d’outils thérapeutiques de modulation du microbiote intestinal (1-3).
D’autre part, ces bactériocines constituent des armes anti-bactériennes très précieuses dans le contexte actuel de propagations de bactéries antibio-résistantes qui est un enjeu majeur de santé pour les années à venir. Nous pouvons donc anticiper que les résultats obtenus auront un fort potentiel de valorisation pouvant déboucher sur différentes applications thérapeutiques ou industrielles.
Références :
- Breton J, Déchelotte P, Ribet D. Intestinal microbiota and Anorexia Nervosa. Clin Nutr Exp (2019) 28, 11-21. https://doi.org/10.1016/j.yclnex.2019.05.001
- Tirelle P, Breton J, Riou G, Déchelotte P, Coëffier M, Ribet D. Comparison of different modes of antibiotic delivery on gut microbiota depletion efficiency and body composition in mouse. BMC Microbiol (2020) 20, 340.https://doi.org/10.1186/s12866-020-02018-9
- Breton J, Tirelle P, Hasanat S, Pernot A, L’Huillier C, dorego JC, Déchelotte P, Coëffier M, Bindels LB, Ribet D. Gut microbiota alteration in a mouse model of Anorexia Nervosa. Clin Nutr (2021) 40, 181-189. https://doi.org/10.1016/j.clnu.2020.05.002
Profil du candidat
Le ou la candidat(e) devra :
- détenir un diplôme de Master 2 ou un équivalent
- avoir (idéalement) une expérience en microbiologie et/ou en biologie moléculaire
- avoir de bonnes aptitudes en communication orale et écrite
- montrer un intérêt pour la microbiologie et une forte motivation pour réaliser un doctorat
Date limite de candidature : 14/05/2021.
Pour postuler
Candidater sur le site de l’Association Bernard Gregory.