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Post-doctorat en visualisation scientifique immersive des protéines membranaires et de leurs assemblages, CNRS, Paris

Détails de l'offre

  • Type de poste: CDD, Post-doctorat
  • Secteur : Public
  • Localité : France 
  • Limite de candidature : 08/10/2021
  • Profil de poste:
    Recherche et innovation
  • Domaine(s) :
    Microbiologie et Immunologie, Bioinformatique, biostatistique et intélligence artificielle, Autre

Description

Informations générales

Référence : FR550-BRUMIR-012
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 17 septembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d’embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Les salaires bruts varieront en fonction de l’expérience du candidat à partir de 3106€/mois (environ 2500€ net) pour un candidat ayant moins de 2 ans d’expérience post-doctorale.

Consultez le barème officiel CNRS des salaires des chercheurs sur : http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/
Niveau d’études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Attention : vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.

Vous avez une expérience de la recherche dans le domaine concerné par l’annonce.

Visualisation scientifique immersive des protéines membranaires et de leurs assemblages

Responsables et encadrement : Marc BAADEN, baaden@smplinux.de et Antoine TALY, taly@ibpc.fr

Collaborations : société PaleBlue, Norvège et Prof. Lutz Eichacker à l’Université de Stavanger, Norvège

Le LBT a développé des outils originaux pour la visualisation et l’analyse des structures protéiques, porté sur des environnements avancés tels que des casques de réalité virtuelle et des murs d’affichage.

Ce projet vise à appliquer et à améliorer l’approche Unitymol à l’étude des protéines membranaires et de leurs assemblages. En particulier, nous prévoyons de fournir un soutien plus large à la variété des données structurelles disponibles aujourd’hui, notamment pour les ensembles de données cryo-EM, et de nous associer à la société PaleBlue et au Prof. Lutz Eichacker à l’Université de Stavanger, Norvège, pour concevoir des composants supplémentaires d’outils de découverte de médicaments innovants et immersifs aux protéines membranaires d’intérêt.

Quelques références en lien avec le projet :
[1] Lv et al., PLOS One (2013), 8(3): e57990
[2] Taly, Expert Opin Drug Discov (2013), 8, 1285-1296
[3] Brandner, et al. Mitochondrion (2019), 49, 234-244.
Esmenjaud, et al. (2019). The EMBO journal, 38(2), e99894.
[4] Martinez & Baaden, Acta Cryst D (2021), D77, 746-754

Activités

– développer des idées et des prototypes concernant l’étude immersive des protéines membranaires et de leurs assemblages
– développer et implémenter cette application dans le projet UnityMol basé sur le moteur de jeu Unity3D
– appliquer l’outil développé à des cas biologiques concrets de protéines membranaires en tirant profit du matériel de réalité virtuelle et du mur d’image 3D existants
– écrire des articles scientifiques pour des journaux internationaux à comité de lecture

Compétences

savoir/connaissances:
– Connaissances générales alliant l’informatique et la biologie (bio-informatique, biophysique ou chimie)
– Connaissances approfondies en modélisation moléculaire et/ou visualisation scientifique/moléculaire
– Maitrise de l’anglais scientifique (lecture et rédaction)
– Connaissance de base en réalité virtuelle
– Une expérience préalable des moteurs de jeux et des environnements de développement similaires sera un plus
– Une connaissance du domaine des systèmes membranaires sera un plus

Savoir Faire
– Concevoir et mettre en œuvre les logiciels scientifiques
– Capacités de programmation et d’ingéniérie logicielle pour bien gérer les développements (outils tels que git, doxygen,..)
– Capacités d’analyse et de restitution des informations (tenue d’un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
– Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
– travailler en équipe, notamment en collaboration multi-laboratoire,
– organiser et planifier son travail de manière autonome;
– présenter ses résultats sous forme de rapports scientifiques clairs et circonstanciés.

Contexte de travail

Le travail sera effectué en majeure partie dans le laboratoire de Biochimie Théorique, unité UPR 9080 du CNRS dirigé par Marc BAADEN à l’Institut de Biologie Physico-Chimique à Paris, avec des échanges réguliers avec nos partenaires Norvégiens comprenant possiblement des séjours prolongés.

Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 29 personnes dont 15 membres statutaires. Le projet se fera sous la direction de Marc BAADEN et Antoine TALY. Les double aspects académiques et industriels seront abordés. Du matériel haut de gamme (casques de réalité virtuelle, mur de visualisation avancé,..) seront mis à disposition. Le travail s’effectuera dans une équipe pluri-disciplinaire.

Le projet s’inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique.

Le but de ce programme de recherche est d’intégrer les connaissances sur l’expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d’améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d’énergie.

Ces études impliquent l’utilisation de technologies de pointes incluant la biologie structurale (NMR, cristallographie aux rayons X et CryoEM), la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation.

Les chercheurs post-doctoraux auront l’opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l’ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.

Les chercheurs post-doctoraux auront l’opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l’ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires. Ils bénéficieront de l’encadrement d’experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d’un réseau mondial d’institutions de renom, d’infrastructures de recherche et d’un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d’accroître leur compétitivité sur le marché du travail.

Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d’une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

Le contrat doit démarrer entre le 1er Janvier 2022 et le 31 Mai.

Informations complémentaires

Modalités de candidature
Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/.

Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu’une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n’avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement.

Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l’adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr (Tel: 33 1 58 41 50 64).

Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l’évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.

Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.

Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (novembre 2021). Après l’entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d’administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l’environnement de recherche.

Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.

Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l’un des experts indépendants et le membre du conseil d’administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40.

Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier au 31 mai 2022.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l’égalité d’accès à l’emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s’engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

Pour postuler

Candidater sur le site emploi du CNRS.