Offre de Thèse : Impact des communautés bactériennes et de leur pilotage dans la gestion des mammites chez la vache laitière : une approche par la modélisation dynamique, INRAE, Saint-Genès-Champanelle, 63122

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité d’Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques du centre INRAE Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, à Saint-Genès-Champanelle, sous la direction de Xavier Bailly et Anaïs Bompard. Cette thèse s’inscrit au sein du projet ANR EcoSA « Contrôle écosystémique des mammites à Staphylococcus aureus » (https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE32-0005 ).

Contexte et projet

La place des communautés bactériennes dans les écosystèmes a été longtemps ignorée du fait de la difficulté à caractériser les bactéries en présence et leurs propriétés. Ces dernières décennies, les progrès du séquençage ont permis de décrire leur diversité leur impact chez l’homme sur la santé, la nutrition, l’immunité et le comportement.

La description de ces communautés naturelles en tant que systèmes dynamiques permet de développer des approches de pilotage de l’écosystème, avec une multitude d’applications potentielles allant la gestion de la santé humaine à la restauration des écosystèmes naturels.

Les modèles généralisés de Lotka-Volterra (gLV) sont une des manières de capturer la structure des réseaux d’interactions entre bactéries et de prédire les dynamiques et la réponse aux perturbations d’un écosystème microbien. Leur application a permis d’identifier des ennemis naturels de Clostridium difficile, de mieux comprendre les interactions écologiques qui structurent le microbiote et d’optimiser l’efficacité d’un traitement en santé humaine.

L’objectif de cette thèse est de développer des méthodes de modélisation dynamique des communautés bactériennes appliquées à la compréhension et à la gestion des mammites, une infection de la mamelle commune chez les vaches laitières. Le doctorant s’appuiera sur la modélisation afin de pouvoir identifier de nouvelles méthodes de contrôle des mammites basées sur la gestion des écosystèmes microbiens au niveau de la ferme ou de l’animal.

Cette approche, qui s’apparente à de la lutte biologique, est très novatrice pour l’élevage, dont les possibilités de recours à des méthodes conventionnelles de traitement (antibiotiques) s’amenuisent chaque année face à l’augmentation de l’antibiorésistance.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

Selon vos affinités et vos compétences, vous pourrez également participer au traitement des prélèvements en laboratoire (extraction d’ADN, qPCR) et/ou à l’analyse bioinformatique des séquences obtenues, et/ou au développement d’approches de statistique et de modélisation complémentaires.

Conditions particulières de travail : horaires décalés et travail au contact d’animaux lors de la période d’échantillonnage dans les fermes (5 mois)

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master d’écologie, ou formation d’ingénieur agronome, ou master Mathématiques appliquées/ biostatistiques.

Connaissances souhaitées : Ecologie, modélisation, biostatistiques.

Expérience appréciée : Stage de fin d’étude dans un laboratoire de recherche en écologie/modélisation

Aptitudes recherchées : Un bon niveau d’anglais est indispensable, ainsi que de bonnes compétence sur R et/ou Matlab.

Votre qualité de vie à l’INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.

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