Offre de thèse : Étude du rôle des interactions amibes-vibrios en milieu marin dans l’émergence des pathogènes, Ifremer, Montpellier (34)

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l’Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

Description de l’offre:

L’IHPE développe des recherches intégratives sur les interactions entre les animaux, leurs agents pathogènes et leurs environnements. Il regroupe des personnels issus de quatre institutions : le CNRS, l’Ifremer, L’université de Montpellier et l’Université de Perpignan. Le laboratoire bénéficie de nombreux équipements, d’accès à des plateformes de pointes et notamment à des moyens de séquençage haut-débit et d’analyses bioinformatiques.

L’équipe TReV étudie la virulence des pathogènes et la résistance des hôtes afin d’appréhender la dynamique de transmission des pathogènes dans divers patho-systèmes aquatiques. Notre équipe est composée de 9 chercheurs aux compétences complémentaires (en microbiologie marine, biologie cellulaire, physiopathologie des mollusques, écologie et évolution) qui nous permettent de mener des projets de recherche interdisciplinaires et intégratifs.

http://ihpe.univ-perp.fr/

Résumé de la thèse

Les vibrios sont responsables de crises importantes en aquaculture. Notre laboratoire a montré́ que les vibrios du clade Splendidus qui sont des bactéries pathogènes opportunistes pour l’huître Crassostrea gigas, possèdent des activités cytopathiques envers les cellules immunitaires de l’huître, les hémocytes. De plus, certains des facteurs de virulence sont aussi impliqués dans la capacité de certains vibrios à résister à la prédation par les amibes marines. Au cours d’une campagne d’échantillonnage visant à étudier la diversité des amibes en milieu marin côtier, nous avons mis en évidence que des vibrios du clade Splendidus étaient retrouvé associés à des amibes en zone ostréicole. L’objectif de la thèse est d’étudier les interactions entre les vibrios du clade Splendidus et les amibes marines afin de déterminer le rôle de ces interactions dans l’émergence de bactéries pathogènes. Ce projet interdisciplinaire combinera des approches en biologie fonctionnelle, écologie et évolution. Les résultats de ce travail permettront une meilleure compréhension du rôle des interactions prédateur/proie dans les mécanismes d’émergence des vibrios pathogènes en milieu marin.

Mots-clés

Émergence des pathogènes, Interactions hôtes-pathogènes, vibrios, amibes marine.

Profil recherché

• Nous recherchons un candidat talentueux, détenteur d’un diplôme de master, qui possède un intérêt particulier pour les interactions hôte-pathogène.
• Le candidat doit avoir des compétences fortes en bactériologie, biologie cellulaire et biologie moléculaire ainsi qu’en bio-informatique et un intérêt pour les projets interdisciplinaires en lien avec l’écologie et l’évolution.
• Une motivation pour la recherche fondamentale, des compétences pour l’analyse de la littérature et un esprit curieux sont des qualités recherchées.

Le projet de doctorat s’articule autour de trois axes principaux complémentaires :

• L’étude des associations entre vibrios et des amibes dans l’environnement marin, et de leur histoire évolutive. Méthodes : qPCR, Séquençage de génomes, Analyses bio-informatiques : Annotations de génomes, Génomique comparative, Phylogénie moléculaire.

• L’étude du poids relatif des interactions vibrio-amibe sur la sélection de la virulence et l’émergence des bactéries pathogènes. Méthodes : Criblage fonctionnel par banque de transposons (INseq) et études en évolution expérimentale.

• L’étude des mécanismes cellulaires et moléculaires des interactions entre vibrios pathogènes et amibes marines.

Méthodes : Microbiologie fonctionnelle, biologie cellulaire, microscopie à fluorescence et microscopie électronique.

Le projet bénéficiera des infrastructures du laboratoire IHPE (salles de culture, microscopie, installation de pathologie expérimentale en milieu aquatique, moyens en séquençage haute-débit et ressources bio-informatiques) ainsi que de collections de vibrios marins et d’amibes marines de l’environnement marin côtier, mais aussi des moyens à disposition au sein d’Ifremer (plateforme expérimentale de Palavas, service de bioinformatique Sebimer, production d’huîtres standardisées Ifremer pour la recherche).

Les travaux seront réalisés en collaboration avec différents partenaires nationaux et internationaux dont Vincent Delafont (EBI, Poitiers), Mark Mandel (Université du Wisconsin-Madison, USA), Frédérique Le Roux (Equipe GV, Roscoff), Guillaume Martin et Oliver Kaltz (ISEM, Montpellier).

Véritable opportunité de travailler sur les thématiques prioritaires de l’Ifremer, les contrats doctoraux proposés par l’Ifremer ouvrent droit, pour une durée de 3 ans, à une rémunération forfaitaire mensuelle brute égale à 1900 euros, non cumulable avec d’autres bourses d’étude.

Comment postuler ?

Le dossier de candidature doit comprendre :

• un CV
• une lettre de motivation
• une lettre de référence
• un relevé de notes et classement (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

L’ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents.PDF. Chaque document pouvant aller jusqu’à 1.5 MB.

Si vous rencontrez un problème pour joindre vos documents, merci de déposer votre CV sur ce site (Pour que nous puissions assurer le suivi, cette démarche est obligatoire pour la prise en compte de votre candidature) et d’envoyer votre dossier par aux directeurs de thèse :

marie.agnes.travers@ifremer.fr et guillaume.charriere@umontpellier.fr

La date limite pour la remise des candidatures est le 2 mai 2021. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet.

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 1er octobre 2021, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l’Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 02/05/2021

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.