Maître de conférences contractuel en Ecologie microbienne des aliments Oniris, UMR INRAE Secalim, Nantes (44)

Oniris, établissement public d’enseignement supérieur et de recherche du Ministère de l’Agriculture, et de l’Alimentation (MAA) forme des docteurs vétérinaires, des ingénieurs, des docteurs, des masters et des techniciens supérieurs.

Le poste est localisé à Nantes sur les deux sites d’Oniris : site de la Géraudière (pour l’enseignement) et de la Chantrerie (pour la recherche). Le-la Maitre de Conférences contractuel (MCC) sera affecté(e) pour sa mission d’enseignement dans l’Unité pédagogique MicroBioTech (6 enseignants-chercheurs, 1 MCC et 4 personnels IATOSS ; Responsable Unité et du Département BPSA: Emmanuel Jaffrès).

L’activité de recherche sera réalisée au sein de l’UMR 1014 INRAE-Oniris SECALIM (17 agents, 5 doctorants/post-doctorants ; Responsable Unité : Marie-France Pilet).

Enseignement

192 h equiv. TD / an en présentiel étudiants

Au sein de l’unité MicroBioTech, le-la MCC recruté(e) assurera son enseignement à l’intention des étudiants de la filière ingénieurs d’Oniris et également aux étudiants du nouveau parcours de Master II en bioproduction santé, en cours de co-accréditation avec l’UFR de pharmacie de l’Université de Nantes. Il-elle aura pour mission de développer un enseignement nouveau dans le cadre de la mise en place de la nouvelle maquette de formation Ingénieur, sur la caractérisation du vivant en s’appuyant sur les technologies de pointe à haut débit de type « omiques », comme la métagénomique, dans un objectif de mieux décrire et comprendre le fonctionnement biologique des organismes vivants, tout en prenant en compte l’environnement auquel ces organismes vivants sont exposés et les écosystèmes dans lesquels ils évoluent.

Il-elle contribuera à apporter aux Ingénieurs Oniris les connaissances sur les systèmes biologiques spécifiques aux outils « omiques », sur la compréhension et la mise en oeuvre des outils bio-informatique et bio-statistiques utilisés pour l’acquisition et la gestion des méta-données, et sur la connaissance des spécificités et des limites des méthodes de caractérisation à haut débit.

Il-elle participera également, en interaction avec l’ensemble de l’équipe enseignante de l’unité MicroBioTech, au renforcement des compétences des étudiants en ingénierie cellulaire (micro-organisme/cellules) des systèmes de production alimentaires et non alimentaires, leur permettant ainsi de comprendre les principes relatifs à la croissance cellulaire (procaryote et eucaryote) et d’identifier les facteurs biologiques et physico-chimiques limitant ou favorisant la multiplication cellulaire, en vue de déterminer les moyens de prévention et de maitrise de la qualité microbiologique des aliments ou les conditions de bioproduction.

Recherche

Au sein de l’UMR SECALIM, le-la recruté(e) s’intéressera notamment à l’écologie de Campylobacter, classé premier danger bactérien de préoccupation majeure en sécurité des aliments, tant pour sa fréquence que gravité. Ce danger est persistant dans la chaine alimentaire (filières volaille en particulier) et ses mécanismes de résistance et de survie dans son écosystème sont encore mal connus, notamment ceux liés à ses interactions avec les communautés microbiennes à l’échelle de la denrée alimentaire et des ateliers de production. La compréhension de ce comportement est un élément clé de la maîtrise de ce danger, qui est une préoccupation majeure des transformateurs de viande de volaille, renforcée par sa prise en compte récente dans les critères microbiologiques règlementaires européens (Règlement 2017-1495).

En complémentarité des travaux concernant l’écologie de cette bactérie en fonction des facteurs abiotiques rencontrés dans l’environnement alimentaire (températures de réfrigération, oxygène…), le-la futur MC sera en charge de développer des recherches permettant de comprendre les interactions de Campylobacter avec les communautés microbiennes présentes sur la denrée et dans l’environnement de production.

Les travaux menés impliqueront l’obtention de données de mesure de la diversité des communautés microbiennes dans différentes conditions, notamment à l’interface entre production primaire et transformation, et le ciblage de certaines fonctions de ces communautés en lien avec le risque microbien. Ils nécessiteront la mise en oeuvre des approches actuelles de l’écologie microbienne via les outils de métabarcoding ou de métagénomique et l’analyse bioinformatique et biostatistique des données. Les travaux pourront être étendus à d’autres types de risques microbiens dans le cadre de collaborations intra ou inter-unités.

Profil

Titulaire d’un doctorat ou en dernière année de doctorat en écologie microbienne ou assimilé, le-la candidat(e) devra justifier de compétences solides en microbiologie et en écologie microbienne ainsi que dans les domaines de la métagénomique, de la bio-informatique, et des méthodes statistiques appliquées à l’analyse des communautés et de leurs interactions. La personne recrutée devra avoir des compétences transverses (gestion de projet, communication, travail en équipe, collaboration).

Le-la candidat(e) devra démontrer des aptitudes pédagogiques et sa motivation pour le travail en équipe. Il est également attendu que l’enseignant(e) ait une forte volonté de se former à la pédagogie. Son parcours (doctoral, post-doctoral) permettra de démontrer son intérêt pour la recherche finalisée, son autonomie, son adaptabilité et sa polyvalence, ainsi que sa capacité à développer un réseau de collaborations nationales et internationales. Une mobilité à l’étranger serait appréciée.

Modalités

Prise de poste à compter du 01 septembre 2021.

Rémunération nette mensuelle de départ de 1725 euros/mois.

Contrat de droit public avec l’Etat d’un an. Sous réserve d’obtention du financement et de bonne adéquation du candidat recruté aux missions confiées, le contrat pourra être prolongé par périodes d’un an.

Modalités de recrutement : un dossier constitué d’un CV détaillé, d’une lettre de motivation doit parvenir par mail au service Ressources Humaines avant le 06 juin 2021 (Oniris – Service RH – Site La Chantrerie – CS 40706 – 44307 NANTES Cedex 3) – Un entretien d’environ 45 minutes devant une commission de recrutement sera proposé aux candidat-es sélectionné-es sur la qualité de leur dossier.

Contacts : Responsable unité d’enseignement MicroBioTech : Emmanuel Jaffrès (tél : 0251785542) et Responsable de l’équipe recherche UMR INRA-ONIRIS 1014 SECALIM : Marie- France Pilet (tél : 0240687811) – Service RH pour toutes les questions administratives (salaire, conditions d’accès, etc.), tél : 0240687602 ou 0240682827.

Durée du contrat : 12 mois

Date limite de candidature : 06/06/2021

Statut : Cadre

Date de début prévue : 01/09/2021

Type d’emploi : Temps plein, CDD

Salaire : 1 725,00€ par mois

Horaires :

• Du Lundi au Vendredi
• Périodes de Travail de 8 Heures

Mesures COVID-19 : port du masque, télétravail privilégié

Télétravail : Temporairement en raison du COVID-19

Pour postuler

Candidater sur le site Indeed.com.