Ingénieur/e en bioinformatique, développement de workflows, CNRS Aubière (Clermont, Auvergne)

Informations générales

Intitulé de l’offre : Ingénieur•e en bioinformatique, développement de workflows H/F
Référence : UMS3601-VALSAI-053

Lieu de travail : PF AuBI, 24 Av. des Landais, 63170 AUBIERE (Clermont-Auvergne)
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Durée du contrat : 12 mois (renouvelable)

Date d’embauche prévue : 1 janvier 2022

Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2500 à 2900€ brut selon expérience
Niveau d’études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L’IFB est également le nœud français de l’Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L’IFB a pour missions :
1. De mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
2. De répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins ;
3. D’anticiper les futurs développements du domaine ;
4. D’assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
5. De favoriser l’engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
6. D’assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel.

L’IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d’envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large.

La plateforme répondra à deux objectifs principaux :
– Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d’origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l’antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme.
– Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l’antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d’agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.

La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l’investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d’outils mathématiques et bioinformatiques. Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira un outil unique de stockage et d’analyse des données aux diverses communautés qui s’attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques.

Dans ce but, nous recrutons un-e ingénieur-e dont la mission principale sera d’assurer le déploiement des workflows d’analyse “standards” à partir des données de séquençage (type Illumina dans un premier temps, puis nanopore) depuis le contrôle qualité des données et l’assemblage, jusqu’au typage des bactéries analysées et la détection et la classification de gènes de résistances qu’elles hébergent.

Missions

La personne recrutée sera impliquée dans le développement et la validation de workflows depuis la collecte de données NGS, jusqu’à la détection des gènes et mutations associées à la résistance aux antibiotiques en passant par les étapes d’assemblage, d’assignation taxonomique, et de classification par MLST (https://pubmlst.org/). Il/elle aura également en charge l’interfaçage des workflows et de leurs interopérabilité sous Galaxy (https://galaxyproject.org/).

Activités

– Développer et améliorer des scripts existants en Python/R
– Construire des workflows sous Galaxy
– Réaliser le traitement des données
– Adapter les applications informatiques aux besoins multi-sites du projet
– Gérer et maintenir les outils informatiques partagés
– Conseiller et former aux techniques et outils développés
– Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l’éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
– Assurer une veille scientifique et technologique
– Rendre compte de l’évolution des travaux en comité restreint IFB et au consortium ABRomics, et participer aux réseaux professionnels
– Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d’études

Compétences

Formation
– Formation en Bioinformatique ou informatique
– Minimum Bac+3 (Licence professionnelle) à niveau Bac+5 (Master) de préférence

Compétences techniques / expériences
– Une primo-expérience en développement d’outils Galaxy serait un plus
– Outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.)
– Environnements Linux
– Culture du Logiciel Libre et Open Data

Connaissances
– Bonnes connaissances en biologie et génomique
– Bonnes notions en programmation (Python fortement souhaité, R)
– Connaissance en biostatistiques/analyse de données
– Connaissance du fonctionnement des API et des webservices
– Connaissance d’un environnement de cluster de calcul serait un plus
– Connaissance en docker serait également un plus

Compétences opérationnelles
– Maîtrise de l’environnement Linux/Unix
– Pratique du Python, environnements virtuels, Conda
– Utilisation de Git
– Travailler en équipe
– Trouver des solutions techniques à une problématique donnée
– Anglais

Compétences comportementales
– Être force de proposition
– Qualités d’écoute et de synthèse avec des interlocuteurs techniques et non techniques
– Autonomie technique et gestion des priorités
– Sens de l’organisation
– Prise de parole en public

Informations complémentaires

Le candidat travaillera aussi étroitement en collaboration avec l’UMR Inserm 1071 M2ISH/ Centre National de la Référence de la résistance aux antibiotiques (Site Dunant).

La personne s’intégrera dans son équipe d’accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l’IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l’étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.

Candidature

Procédure : OBLIGATOIRE: merci de déposer vos dossiers de candidature sur le portail du CNRS

Date limite : 6 décembre 2021

Contacts

Valentin Saint Leger : valentin.saint-leger@france-bioinformatique.fr

 https://bit.ly/3CDnqCq