Ingénieur d’étude hospitalier – Hôpital Saint-Antoine, laboratoire Clostridioides difficile, Paris

Annonce déposée sur le site de la Fédération hospitalière de France le vendredi 19 mars 2021.
Date limite des candidatures : vendredi 30 avril 2021.

FICHE DE POSTE
Ingénieur d’étude hospitalier au Laboratoire «Clostridioides difficile » associé au CNR

Direction : Hôpital Saint Antoine

Service : Laboratoire « Clostridioides difficile » associé au CNR des bactéries anaérobies et du botulisme- DMU Biologie médicale et génomique

Localisation: Bâtiment Pierre Masson, Hôpital saint Antoine, 184 rue du faubourg saint Antoine, 75012 Paris

IDENTIFICATION DU POSTE
Fonction : Ingénieur d’étude hospitalier
Position dans la structure :
* liaisons hiérarchiques ou rattachement hiérarchique :
Responsable scientifique du laboratoire « Clostridioides difficile » (F. Barbut) et biologiste en charge de la validation des activités du CNR (AHU)
* liaisons fonctionnelles :
– Personnel médical du laboratoire de bactériologie de l’hôpital Saint-Antoine
– Techniciens de laboratoire de bactériologie de l’hôpital Saint-Antoine
– ARC, TEC

Présentation du service :
Le laboratoire « Clostridioides difficile » a été créé en 2007 afin de pouvoir apporter à Santé Publique France (ex Institut de Veille Sanitaire) une expertise microbiologique des souches de « Clostridioides difficile » et participer à la surveillance des infections à « Clostridioides difficile », incluant l’investigation d’épidémies.

Les missions du laboratoire « Clostridium difficile » sont :

Activité d’expertise :
– Typage des souches, identification de nouveaux clones
– Evaluation de la sensibilité aux anti-infectieux
– Participation à la mise au point, à l’évaluation et aux recommandations européennes (ECDC) concernant les techniques de diagnostic et de typage.

Activité de veille épidémiologique :
– Contribution au réseau de surveillance européen de l’ESGCD.
– Contribution aux enquêtes ponctuelles à la demande du Ministère de la Santé ou de Santé Publique France
– Alertes : Signalement de phénomènes anormaux à Santé Publique France et à l’ARS.

Activités de recherche et de développement.

– Collection de souches de « Clostridium difficile ».

QUALITES REQUISES
– Qualités personnelles et relationnelles
– Fiabilités dans les résultats
– Ponctualité
– Etre rigoureux, organisé, disponible, esprit d’initiative et travail en autonomie

DIPLOMES
Bac+5 (Cursus universitaire scientifique ou d’ingénierie)

COMPETENCES REQUISES
– Expérience confirmée dans le domaine de la biologie moléculaire (qPCR, séquençage haut débit, génotypage microbien, détection des mutations associées aux résistances aux antiinfectieux)
– Expérience confirmée en microbiologie médicale
– Savoir exploiter et évaluer les outils informatiques d’analyse de données génomiques. Avoir des compétences et une expérience en bioinformatique appliquée aux domaines de la microbiologie (métagénomique)
– Maîtrise de l’anglais
– Connaissances informatiques, scientifiques et technico-réglementaires

MISSIONS DU POSTE
L’ingénieur d’étude du CNR a en charge :
– La participation, avec les référents qualité, à la démarche d’accréditation
– La caractérisation des souches de C. difficile reçues au CNR (PCR multiplex virulence, PCR ribotypage) en lien avec le technicien de laboratoire du CNR et la participation aux études épidémiologiques.
– L’étude approfondie de l’organisation génétique du locus de pathogénicité (PaLoc) des nouveaux toxinotypes (variants toxiniques) identifiés au CNR.
– La participation aux travaux d’évaluation des nouvelles méthodes de diagnostic des infections à C. difficile ou de nouveaux désinfectants sporicides. L’ingénieur d’étude sera amené à consulter des dossiers cliniques de patients.
– Le développement de nouveaux marqueurs génomiques (MLVA, CRISPR typing, wgMLST, cgSNP…)
– La caractérisation du microbiome/virome digestif par séquençage haut débit.
– Le suivi des équipements du plateau de biologie moléculaire et veille technologique

Personne à contacter
Monsieur Frédéric BARBUT
Tel : 01 49 28 30 11
Email : frederic.barbut@aphp.fr

POUR POSTULER

Candidature à envoyer sur le site de la Fédération hospitalière de France.