Doctorant en biologie, CNRS, Marseille

Description du sujet de thèse

Myxococcus xanthus est l’une des bactéries prédatrices les plus abondantes dans les écosystèmes du sol. Elle a la capacité du tuer une grande gamme de proies, indépendamment de leurs propriétés d’enveloppe.
Ce comportement de prédation repose notamment sur la coordination de deux systèmes de motilité qui permettent aux cellules individuelles de M. xanthus de s’organiser au sein de la colonie et également d’initier des mouvements collectifs pour se déplacer en groupes dans l’environnement.

Lorsque les nutriments viennent à manquer, notamment une fois que les proies environnantes ont été lysées, les cellules de M. xanthus initient des mouvements de va-et-vient synchronisés qui aboutissent à la formation de vagues macroscopiques.

Ce phénomène, appelé rippling, pourrait permettre aux cellules d’optimiser la récupération des nutriments résiduels dans le sol. Enfin, lorsque la carence nutritive perdure, M. xanthus entre en phase de développement, un cycle complexe qui aboutit à la formation de structures s’apparentant à des biofilms et appelées corps fructifères.
Dans notre équipe, nous avons construit une banque ordonnée de 25.000 mutants indépendants de M. xanthus par transposition aléatoire.

Nous avons mis au point un crible phénotypique automatisé qui nous permet d’évaluer la capacité des mutants à 1- effectuer de la predation; 2- se déplacer; 3- faire du rippling et, 4- former des corps fructifères. Nous avons d’ores et déjà identifié plusieurs mutants dans trois de ces quatre catégories.

Pour ce projet de thèse (3 ans), nous proposons de poursuivre et d’affiner ce crible afin d’identifier de nouveaux facteurs impliqués dans chacune de ces étapes clé dans le cycle de vie de M. xanthus. Le séquençage du génome des mutants sera suivi par des approches de génétique fonctionnelle pour comprendre le role des gènes identifiés.

Le/la candidat(e) utilisera des méthodes d’imagerie à grande échelle développées dans notre équipe pour explorer la régulation spatio-temporelle de l’expression des gènes candidats en contexte de predation. Pour cela, il/elle utilisera le BactoHubble, un “téléscope bactérien” permettant de cartographier de très grands champs (de l’ordre du mm²) avec la resolution d’un grossissement au 100X.

Pour mener à bien ce projet, nous recherchons un(e) étudiant(e) très motivé(e) qui a de bonnes connaissances en biologie cellulaire bactérienne ainsi qu’en biologie moléculaire. Une expertise en analyse d’images et/ou en statistique seraient également appréciées.

Contexte de travail

Le(a) doctorant(e) travaillera au sein du Laboratoire de Chimie Bactérienne situé sur le Campus Joseph Aiguier dans le 9°arrondissement de Marseille.

Le laboratoire est composé de 100 personnes réparties en 13 équipes de recherche.
L’équipe où travaillera le(a) doctorant(e) est composée de 16 agents dont deux directeurs de recherche CNRS, trois chargés de recherche CNRS, une maitre de conférence AMU, une ingénieure AMU, une assistante ingénieur CNRS, une technicienne CNRS, deux ingénieures CDD CNRS, une post doc AMU et quatre doctorants.

Pour postuler

Candidater sur le site emploi du CNRS.