Doctorant-e en Microbiologie et Génomique, INRAE, Rennes (35)

Référence de l’offre

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Thèse en cotutelle Anses-INRAE

Les travaux de thèse seront réalisés au sein de l’équipe Stratégies d’Amélioration des Filières et de Réduction des Impacts (SAFIR) de l’Unité de recherche OPAALE (Optimisation des processus de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de l’environnement) d’INRAE Rennes (35) et de l’équipe « Recherche » de l’unité Salmonella et Listeria (SEL) du Laboratoire de Sécurité des Aliments de l’Anses de Maisons-Alfort (94).

L’équipe SAFIR développe des travaux sur l’évaluation environnementale et sanitaire des filières de valorisation des effluents d’élevage.

L’équipe « Recherche » de l’Unité SEL développe des travaux sur la caractérisation génomique des bactéries pathogènes alimentaires Listeria monocytogenes et Salmonella enterica.

• Sujet de thèse : Diversité génomique et compétitivité de Listeria monocytogenes dans les filières de valorisation agronomique des effluents d’élevage.
• Contexte socio-économique et scientifique : La maîtrise des risques sanitaires dans les systèmes alimentaires nécessite d’identifier et de limiter les flux de pathogènes dans le continuum allant de l’environnement agricole à l’aliment transformé. Dans les élevages, la gestion des effluents est un point critique dans cette maîtrise des flux microbiens. Peu de données sont disponibles sur la diversité génétique

des bactéries pathogènes présentes dans les effluents d’élevage, dans les filières de valorisation (méthanisation agricole mésophile) et au moment de leur valorisation agronomique par épandage. La circulation d’agents zoonotiques dans les systèmes agricoles et de production alimentaires représente en effet un risque sanitaire pour les consommateurs si cette circulation aboutit à la contamination de l’aliment.

Listeria monocytogenes est l’agent de la listériose, l’une des maladies d’origine alimentaire les plus graves surveillée en Europe, avec des taux d’hospitalisation et de mortalité les plus élevés. A ce jour, la diversité génomique des souches de Lm qui circulent dans les effluents est peu connue alors qu’il est maintenant clairement établi que l’hypervirulence de certains isolats est corrélée avec leur position phylogénétique. De plus, le lien entre cette diversité et la capacité de cette bactérie pathogène à persister dans les sols agricoles après épandage n’a pas été étudié.

• Objectifs scientifiques : Les travaux de thèse ont pour objectifs de :

1. caractériser la diversité de Listeria monocytogenes d’un point de vue génomique dans les filières de valorisation des effluents d’élevage de la région Bretagne, et de comparer cette diversité à celle retrouvée dans la chaîne agro-alimentaire
2. évaluer l’impact du procédé de traitement sur la diversité des clones de Listeria monocytogenes 3. caractériser la compétitivité de ces clones dans le sol afin d’évaluer l’impact éventuel des filières de valorisation des effluents sur les flux de Listeria monocytogenes dans l’environnement agricole.
4. identifier des caractéristiques génomiques associées à leur compétitivité

• Approches méthodologiques : Le travail de thèse consistera à i) réaliser des analyses génomiques comparatives de la collection de souches de Listeria monocytogenes isolées de méthaniseurs agricoles et comparer leur diversité aux souches isolées d’aliments. Les outils développés par l’Anses de Maisons-Alfort seront utilisés pour cette étape de la thèse ; ii) mettre en oeuvre des essais de laboratoire pour étudier la compétitivité des souches dans les sols et caractériser leur capacité d’adaptation environnementale. Les expérimentations seront conduites à OPAALE ; iii) identifier des modules de gènes ou d’éléments génétiques mobiles associés à la compétitivité des isolats par des approches de GWAS et de machinelearning.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Titulaire d’un diplôme de Master 2 ou d’école d’ingénieur avec de solides compétences en microbiologie et génomique microbienne
• Connaissances souhaitées : biologie moléculaire et bioinformatique
• Expérience appréciée : expérience de recherche en laboratoire de microbiologie, Expérience en analyses génomiques
• Aptitudes recherchées : organisation, rigueur, autonomie, sens du travail en équipe et ouverture d’esprit

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.