Chargé-e de projet de recherche microbiote intestinal, métagénomique, CDD 24 mois, Anses, Ploufragan (22)

Poste à pourvoir Chargé(e) de projet de recherche : microbiote intestinal, métagénomique (H/F)
Catégorie d’emploi : Agent contractuel de catégorie 2
Type de contrat  : Contrat à durée déterminée de droit public de 24 mois
Localisation  : Ploufragan (22)
Prise de fonction  : septembre 2021
Rémunération selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires, en application du décret n° 2003-224 du 7 mars 2003, ou selon statut particulier si fonctionnaire.

L’AGENCE ET L’ENTITE D’AFFECTATION

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de
l’environnement et du travail (Anses) est un établissement public
administratif placé sous la tutelle des ministères chargés de
l’agriculture, de la consommation, de l’environnement, de la santé et
du travail. Elle intervient dans les domaines de la santé au travail, de
l’environnement, de l’alimentation, de la santé et du bien-être des
animaux, de la santé des végétaux avec un objectif prioritaire :
contribuer à assurer la sécurité des travailleurs et des consommateurs.

Pour élaborer des recommandations de santé publique, l’Anses met en
œuvre une expertise scientifique indépendante, pluridisciplinaire,
collective et contradictoire. Elle s’appuie sur un réseau de 9
laboratoires de référence et de recherche sur 18 sites. Ils ont des
missions d’expertise, de surveillance épidémiologique, d’alerte et de
conseil scientifique et technique. Ils assurent, ainsi, un rôle essentiel
dans la qualification des dangers par la collecte des données issues
des réseaux de laboratoires agréés.

Entité recruteuse

Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, site de Ploufragan, au sein de l’Unité
Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP)

Missions / contexte

L’Unité HQPAP compte 30 agents en moyenne assurant des missions de
recherche, de référence, de surveillance et d’expertise. Les travaux de l’unité se
font sous assurance qualité. L’Unité HQPAP assure 4 mandats de référence (LNR
Salmonella et salmonelloses aviaires, Campylobacter, botulisme aviaire) et des
missions d’expertise aux niveaux national et international. Les activités de
recherche de l’unité ont pour thématique la « Maîtrise des agents bactériens
zoonotiques transmis par la chaîne alimentaire par une approche pluridisciplinaire
dans les filières avicole et porcine ». Les principales bactéries zoonotiques
étudiées sont Salmonella, Campylobacter, Listeria, Yersinia et Clostridium
botulinum. Les travaux de l’unité répondent au concept « one health », concept
visant à renforcer les liens entre santé humaine, santé animale et gestion de
l’environnement. Ils vont de la fourche à la fourchette, des bottes au séquenceur et
sont à l’interface entre l’animal, le consommateur et leur environnement.

DESCRIPTION DU POSTE

Missions

Sous la responsabilité du chef d’unité, l’agent recruté assurera la réalisation des travaux de recherche prévus dans le cadre du projet « RIMICIA » (GP/EFSA/ENCO/2020/02). Ce projet, financé par l’EFSA (European Food Safety Authority, https://www.efsa.europa.eu/fr), réunit dans un consortium l’Anses et une institution espagnole « Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación CIAL (CSIC-UAM) » pour répondre aux objectifs consistant à approfondir les connaissances sur le microbiote intestinal humain et animal à travers de larges études bibliographiques et des essais expérimentaux pour appuyer les recherches bibliographiques.

La partie qui sera développée à l’Anses s’intéressera aux filières avicoles et porcines, aux pathogènes alimentaires Campylobacter et Salmonella, à la modulation du microbiote intestinal des animaux en lien avec ces pathogènes et aussi en lien avec leur bien-être et état de santé.

Activités

o Réalisation d’une revue bibliographique systématique
o Mise en place d’un protocole défini en accord avec le consortium
o Définition des mots clés à renseigner dans les moteurs de recherche
o Tri et analyse des articles potentiels
o Lecture, synthèse et rédaction de la revue bibliographique
o Restitution et présentation au consortium
o Réalisation des essais en animaleries avicole et porcine
o En lien avec la revue bibliographique, des paramètres seront considérés pour réaliser :
– un essai en animalerie avicole utilisant comme modèle le poulet de chair et
Campylobacter
– un essai en animalerie porcine utilisant comme modèle des porcs EOPS et Salmonella
– Etude des modulations du microbiote intestinal des animaux en fonction des pathogènes et de leur bien-être et état de santé
o Des échantillons de matières caecale ou fécale seront collectés à l’issue des essais en
animalerie et d’animaux d’élevages (en lien avec d’autres projets en cours) pour étudier le microbiote
o Réalisation des étapes d’extraction d’ADN
o Traitement bioinformatique et analyses des données de séquençage (métagénomique sur amplicon 16 S)
o Analyses statistiques

Conditions particulières
– Travail en laboratoire confiné niveau 2
– Manipulation d’agents pathogènes et de produits chimiques
– Réalisation d’essais en expérimentation animale (volailles et porcs)
– Travail sous assurance de la qualité
– Port d’équipement de protection individuelle (EPI)

PROFIL RECHERCHE

Diplômes requis : niveau BAC + 3 minimum, BAC+5 dans le domaine de bactériologie alimentaire et de biologie
moléculaire, doctorat souhaité – formation en expérimentation animale serait un plus
Expériences similaires
– Expérience de travail en laboratoire, métagénomique
– La connaissance des zoonoses alimentaires et les filières animales serait un plus
Compétences
– Bactériologie, biologie moléculaire, séquençage 16S, métagénomique
– Connaissance des outils et de la méthodologie de revue systématique (bibliométrie, bases de données
ciblées, )
– Aptitude à rédiger et communiquer en anglais
– Maîtrise des outils bioinformatiques
– Aptitude à travailler en équipe
– Aptitude à communiquer en anglais
– Sens des responsabilités, aptitude à rendre compte
– Aptitudes organisationnelles

POUR POSTULER

Date limite de réponse : 21 mai 2021
Renseignements sur le poste : Marianne CHEMALY (marianne.chemaly@anses.fr: 02 96 01 62 27) / Annaëlle KEROUANTON (annaelle.kerouanton@anses.fr: 02 96 01 85 31)
Adresser les candidatures par courriel (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence 2021-048 à : recrutement@anses.fr.