Bio-analyste, Anses Lyon, Laboratoire de Lyon, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes

Poste à pourvoir : Bio-Analyste (H/F)
Catégorie d’emploi : agent contractuel de catégorie 2 ou agent titulaire de catégorie A
Type de contrat : contrat à durée indéterminée de droit public, détachement, affectation
Localisation : Lyon (69)
Prise de fonction : dès que possible
Rémunération : selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires, en application du décret n° 2003-224 du 7 mars 2003, ou selon statut particulier si fonctionnaire.

L’AGENCE ET L’ENTITE D’AFFECTATION

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) est un établissement public administratif placé sous la tutelle des ministères chargés de l’Agriculture, de la Consommation, de l’Environnement, de la Santé et du Travail. Elle intervient dans les domaines du travail, de l’environnement, de l’alimentation, de la santé et du bien-être des animaux, de la santé des végétaux avec un objectif prioritaire : contribuer à assurer la sécurité des travailleurs et des consommateurs.

Pour élaborer des recommandations de santé publique, l’Anses met en œuvre une expertise scientifique indépendante, pluridisciplinaire, collective et contradictoire. Elle s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche sur 18 sites. Ils ont des missions d’expertise, de surveillance épidémiologique, d’alerte et de conseil scientifique et technique. Ils assurent, ainsi, un rôle essentiel dans la qualification des dangers par la collecte des données issues des réseaux de laboratoires agréés.

Entité recruteuse
Laboratoire de Lyon, Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB)

Missions / contexte
Le laboratoire de Lyon a un effectif de 78 personnes permanentes, réparties en 5
unités scientifiques, un service scientifique de plateforme d’appui, et des services
de fonctions support.

DESCRIPTION DU POSTE

Le périmètre scientifique de l’unité AVB est principalement centré sur l’épidémiologie moléculaire conventionnelle et génomique de l’antibiorésistance (ABR) dans le secteur non humain (principalement animal), et dans une perspective One Health (lien avec l’Homme et l’environnement). Il inclut la caractérisation des mécanismes moléculaires de l’ABR et la compréhension de ses modalités de dissémination entre bactéries, entre animaux et entre l’animal et l’Homme et/ou l’environnement.

Missions

Participer à la mise en oeuvre scientifique et technique des missions de l’unité AVB impliquant le développement et l’application des technologies NGS. Un appui technique aux autres unités du laboratoire de Lyon, dans le domaine de compétences de la bioanalyse sera régulièrement sollicité.

Activités

– Participer aux tâches générales et d’organisation fonctionnelle de l’unité AVB
– En interaction étroite avec les membres de l’unité AVB, et possiblement d’autres unités demandeuses, développer/mettre en place les outils pour l’analyse des données bactériennes de séquençage total (assemblage, phylogénie, séquençage 16S, métagénomique, RNA-seq)
– Contribuer au transfert des compétences et outils de bioanalyse au sein de l’unité AVB, et plus largement du laboratoire de Lyon
– Interagir, au sein du laboratoire de Lyon et dans les groupes de travail de l’Anses, avec la communauté technique et scientifique impliquée dans l’analyse de données génomiques.

Conditions particulières

Travail transversal possible inter unité, au sein du laboratoire de Lyon et plus largement de l’Anses.

PROFIL RECHERCHE

Diplômes requis

BAC +5 de type Master en bioinformatique et bioanalyse, ayant une formation approfondie en bactériologie et en biologie moléculaire. Minimum bac + 3

Expériences similaires
– Une expérience en laboratoire de recherche de microbiologie moléculaire est souhaitée
– Une expérience dans l’analyse de données génomiques en lien avec l’antibiorésistance serait appréciée

Compétences
– Maîtrise de l’environnement Linux
– Maîtrise des outils liés au traitement des données NGS (assemblage, mapping, variant calling…),
– Maîtrise des outils d’analyses phylogénomiques
– Maitrise des pipelines principaux pour l’analyse des données issues de bactéries
– Maîtrise de R
– Capacité d’analyse et de synthèse, rigueur
– Maitrise des outils informatiques (bureautiques et logiciels pilotes de plateformes scientifiques)
– Maitrise de l’anglais scientifique appréciée
– Aptitude au travail en équipe et inter-équipe
– Capacité d’organisation et de planification
– Capacité pédagogiques, intérêt pour dispenser des formations, transmettre des connaissances
– Sens des responsabilités.

POUR POSTULER

Date limite de réponse : 28 juin 2021

Renseignements sur le poste : Jean-Yves MADEC, jean-yves.madec@anses.fr
Adresser les candidatures par courriel (cv + lettre de motivation) en indiquant la référence 2021-081 à : recrutement@anses.fr.